如何從R clusplot（）獲取點坐標和聚類標簽

Question

我使用k-medoids算法pam根據以下（對稱）距離矩陣tmp進行聚類：

if(!require("cluster")) { install.packages("cluster");  require("cluster") } 
tmp <- matrix(tmp <- matrix(c( 0,  20,  20,  20,  40,  60,  60,  60, 100, 120, 120, 120,
             20,   0,  20,  20,  60,  80,  40,  80, 120, 100, 140, 120,
             20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140,  80,
             20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140, 140,
             40,  60,  60,  60,   0,  20,  20,  20,  60,  80,  80,  80,
             60,  80,  80,  80,  20,   0,  20,  20,  40,  60,  60,  60,
             60,  40,  80,  80,  20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80,
             60,  80,  80,  80,  20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80,
             100, 120, 120, 120,  60,  40,  60,  60,   0,  20,  20,  20,
             120, 100, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,   0,  20,  20,
             120, 140, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,   0,  20,
             120, 120,  80, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,  20,   0),
             nr=12, dimnames=list(LETTERS[1:12], LETTERS[1:12]))
tmp_pam <- pam(as.dist(tmp, diag = TRUE, upper = TRUE) , k=3)
tmp_pam$clusinfo # get cluster info
tmp_pam$silinfo # get silhouette information
clusplot(tmp_pam)

我在這里閱讀了 clusplot使用cmdscale和princomp ，這很有意義。 但是，未給出操作順序。

如何從clusplot的輸出中獲取Component1和Component2坐標及其簇標簽和點ID？ 我想要訪問這些文件，以便在ggplot中修改/繪制它們。

我可以推測出繪圖與輪廓信息有某種關系，但不太了解我們如何得出以下最終繪圖：

Answer 1

根據文檔 ，clusplot使用

• 主成分分析
• 多維縮放

投影您的數據。 可能取決於您是傳遞數據還是距離矩陣。