如何从R clusplot（）获取点坐标和聚类标签

Question

我使用k-medoids算法pam根据以下（对称）距离矩阵tmp进行聚类：

if(!require("cluster")) { install.packages("cluster");  require("cluster") } 
tmp <- matrix(tmp <- matrix(c( 0,  20,  20,  20,  40,  60,  60,  60, 100, 120, 120, 120,
             20,   0,  20,  20,  60,  80,  40,  80, 120, 100, 140, 120,
             20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140,  80,
             20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140, 140,
             40,  60,  60,  60,   0,  20,  20,  20,  60,  80,  80,  80,
             60,  80,  80,  80,  20,   0,  20,  20,  40,  60,  60,  60,
             60,  40,  80,  80,  20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80,
             60,  80,  80,  80,  20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80,
             100, 120, 120, 120,  60,  40,  60,  60,   0,  20,  20,  20,
             120, 100, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,   0,  20,  20,
             120, 140, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,   0,  20,
             120, 120,  80, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,  20,   0),
             nr=12, dimnames=list(LETTERS[1:12], LETTERS[1:12]))
tmp_pam <- pam(as.dist(tmp, diag = TRUE, upper = TRUE) , k=3)
tmp_pam$clusinfo # get cluster info
tmp_pam$silinfo # get silhouette information
clusplot(tmp_pam)

我在这里阅读了 clusplot使用cmdscale和princomp ，这很有意义。 但是，未给出操作顺序。

如何从clusplot的输出中获取Component1和Component2坐标及其簇标签和点ID？ 我想要访问这些文件，以便在ggplot中修改/绘制它们。

我可以推测出绘图与轮廓信息有某种关系，但不太了解我们如何得出以下最终绘图：

Answer 1

根据文档 ，clusplot使用

• 主成分分析
• 多维缩放

投影您的数据。 可能取决于您是传递数据还是距离矩阵。