使用 ggbio 和 ggplot2 為單個基因添加標簽

Question

我正在嘗試將基因標簽添加到使用 ggbio 包呈現基因組片段的繪圖中。

我正在使用autoplot()函數並傳入一個 GenomicRanges 對象。 GRange 對象有一列元數據標簽，我希望它出現在每個圖形段頂部的生成圖上。

問題：如何從元數據列向 ggbio/ggplot2 圖中添加標簽？

我的代碼如下，沒有標簽，g 作為 GenomicRanges 對象。

autoplot(g)

Answer 1

正如用戶 zx8754 之前建議的那樣，我將遵循ggbio 手冊，但重點關注第2.2.5節從 GRangesList 對象制作基因模型。

基本上，關於如何從元數據列向 ggbio 圖中添加標簽的問題的答案是根據元數據列拆分 granges 對象，並使用帶有此命名 grangeslist 的 autoplot 函數。 這里的訣竅是預先向 granges 對象添加一個額外的列type="exon"以模擬基因/轉錄模型結構。

library(ggbio)
library(GenomicRanges)

g <- GRanges(seqnames = "chr1",
             ranges = c("100-150","150-200"), 
             strand = c("+","-"),
             group = c("A","B"),
             type = "exon")
autoplot(g)

grl <- split(g, g$group)
autoplot(grl)
#> Constructing graphics...

^{由reprex 包(v1.0.0) 於2021年 2 月 8 日創建}