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為什么不安裝此R包,我該如何解決?

[英]Why will this R package not install and how can I fix it?

我想在R包中包含一個Fortran子例程。 我一直只使用devtools和roxygen構建包(所以我的知識可能非常有限)。 我收到一個錯誤,阻止我在安裝包之后安裝它不是Win32應用程序...

我使用的是Rtools 3.3。 我的會話信息:

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] roxygen2_5.0.1 devtools_1.9.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] magrittr_1.5  tools_3.2.2   Rcpp_0.12.1   memoise_0.2.1 stringi_1.0-1 stringr_1.0.0 digest_0.6.8 

要初始構建包,我運行這個:

library(devtools)
library(roxygen2)

setwd("C:/panterasBox")
create("myPack")
setwd("C:/panterasBox/myPack")
dir.create("C:/panterasBox/myPack/src")

這是fortran代碼,在/src文件中保存為myFunc.f:

         subroutine myFunc(x)
         implicit none
         real(8) x

         x = x + 2

         return
         end

我用來調用它的R包裝器(保存在/R文件中):

#' @title A test
#' @description a test function.
#' @param x this is a number
#' @useDynLib myPack
#' @export
myFunc <- function(x){
  if (!is.loaded('myFunc')) {
    dyn.load("/src/myPack.dll")
  }
  myCall <- NULL
  myCall <- .Fortran("myFunc", x=as.double(x), PACKAGE="myPack")
  return(myCall$x)
}

現在,要創建文檔並安裝包,我運行:

> document()
Updating myPack documentation
Loading myPack
Re-compiling myPack
"C:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD INSTALL  \
"C:\panterasBox\myPack" --library="C:\Users\pantera\AppData\Local\Temp\RtmpQdJJko\devtools_install_1df837dd6c29" --no-R  \
--no-data --no-help --no-demo --no-inst --no-docs --no-exec --no-multiarch --no-test-load 

* installing *source* package 'myPack' ...
** libs
gfortran -m64     -O2  -mtune=core2 -c myFunc.f -o myFunc.o
gcc -m64 -shared -s -static-libgcc -o myPack.dll tmp.def myFunc.o -Ld:/RCompile/r-compiling/local/local320/lib/x64 -Ld:/RCompile/r-compiling/local/local320/lib -lgfortran -LC:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64 -lR
installing to C:/Users/pantera/AppData/Local/Temp/RtmpQdJJko/devtools_install_1df837dd6c29/myPack/libs/x64
* DONE (myPack)
First time using roxygen2. Upgrading automatically...
Updating roxygen version in  C:\panterasBox\myPack/DESCRIPTION 
Writing NAMESPACE
Writing myFunc.Rd
> install("myPack")
Installing myPack
"C:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD INSTALL  \
"C:/panterasBox/myPack" --library="C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library" --install-tests 

* installing *source* package 'myPack' ...
** libs

*** arch - i386
make: Nothing to be done for `all'.
installing to C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386

*** arch - x64
make: Nothing to be done for `all'.
installing to C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/x64
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
Error in inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : 
  unable to load shared object 'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386/mypack.dll':
  LoadLibrary failure:  %1 is not a valid Win32 application.

Error: loading failed
Execution halted
*** arch - x64
ERROR: loading failed for 'i386'
* removing 'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack'
Error: Command failed (1)

我還嘗試使用R CMD build myPack通過命令行構建和檢查包,然后使用R CMD check myPack_*tar.gz 我做的唯一錯誤是關於我的LaTeX包。

感謝您閱讀本文,感謝您提供的任何幫助。

免責聲明:我之前曾問過這個問題,但我想以“最小的方式”再次提問。

很明顯,這是一個架構問題。 看起來你的軟件包的x64版本(可能是你需要的)已經成功構建,但是x86構建,因此整個任務失敗了。 請嘗試以下方法:

  1. 添加--no-multiarch選項以install調用。 這將告訴RCmd不要為x86構建,因為你的主拱是x64。
  2. (可能是可選的,但為了方便起見。)添加--no-test-load選項來install調用。 這將告訴RCmd不要通過加載包的成功來判斷構建任務的成功。
  3. 使用library('myPack')手動加載包,看看它是否有效。

總而言之,用以下內容替換您的install調用:

install('myPack', args=c('--no-multiarch','--no-test-load'))
library('myPack')

看起來你正在加載dyn.load("/src/myPack.dll")

但在安裝過程中它正在尋找:

'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386/mypack.dll'

(即沒有資本P)

*對不起,我沒有足夠的代表把它作為評論。

暫無
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