如何在離線的Debian機器上安裝一個R package？

Question

我有一個 Debian 虛擬機，它沒有連接到 inte.net。 然而，我仍然可以從具有 inte.net 連接的本地計算機上 scp 任何文件。 為了提供一點上下文，我嘗試在 VM 上托管一個 shiny 應用程序。

我仍然可以使用“apt-get”命令安裝舊版本的 R 3.1.1：

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

然而，在查看列表時仍然找不到“閃亮的”package：

sudo apt-cache search "^r-.*" | sort

所以，我在想我是否可以將“shiny.tar.gz”scp 到虛擬機並在本地安裝 package？ 我怎么能離線安裝任何 R package？

我試過類似的東西：

install.packages('/home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz', repos = NULL, type = "source")

然而，它沒有通過 go 和錯誤消息如下：

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in type == "both" : 
comparison (1) is possible only for atomic and list types
Calls: install.packages
Execution halted

然后，我用另一個“R CMD”試了一下：

R CMD INSTALL /home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz

我收到錯誤消息，告訴我缺少依賴項：

* installing to library ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’
ERROR: dependencies ‘httpuv’, ‘mime’, ‘jsonlite’, ‘xtable’, ‘digest’, ‘htmltools’, ‘R6’ are not available for package ‘shiny’
* removing ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/shiny’

如何從源代碼成功安裝 shiny package？ 我是否應該提前 go 來安裝所有依賴項和依賴項的依賴項？

Answer 1

Shiny有一些軟件包依賴項，“ R CMD INSTALL”將不會為您找到它們，因此您需要手動獲取它們。 根據Shiny的描述，它的依賴項為：'Rcpp'，'httpuv'，'mime'，'jsonlite'，'xtable'，'digest'，'htmltools'，'R6'。 因此，首先，請從cran獲取軟件包（以下是當前版本，但是它們會隨着時間的推移而變化。請注意，以下是針對連接到Internet的計算機的信息，在繼續之前，您需要將它們打包到脫機計算機中）：

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.12.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/httpuv_1.3.3.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/mime_0.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/jsonlite_0.9.19.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/digest_0.6.9.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/htmltools_0.3.5.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/R6_2.1.2.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/shiny_0.13.2.tar.gz

然后使用R CMD INSTALL按照相同的順序進行處理。 例如：

R CMD INSTALL Rcpp_0.12.4.tar.gz

一旦所有依賴項都存在，R CMD INSTALL應該讓您安裝Shiny。

Answer 2

要在Debian上安裝一些package-offline，可以使用apt-offline ：

apt-offline可以完全更新和升級基於APT的發行版，而無需連接到網絡，所有這些對APT都是透明的。

apt-offline可用於在計算機（無網絡）上生成簽名。 該簽名包含APT數據庫系統所需的所有下載信息。 該簽名文件可以在連接到互聯網的另一台計算機上使用（不必是Debian盒子，甚至可以運行Windows）以下載更新。 下載的數據將包含APT可以理解的格式的所有更新，並且apt-offline可以使用此數據來更新未聯網的計算機。

在離線os（Debian）上安裝apt-offline ，然后鍵入以下命令（以導入丟失的密鑰）：

sudo apt-key exportall | sudo gpg --no-default-keyring --import --keyring /etc/apt/trusted.gpg

然后，您需要獲取your_package_name的簽名：

apt-offline set debian-install.sig --install-packages your_package_name

下一步，將debian-install.sig上載到在線系統並下載所需的文件。

apt-offline get debian-install.sig --bundle debian-install.zip 

將debian-install.zip文件上傳到離線系統，使用apt-offline實用程序進行安裝以更新APT數據庫。

sudo apt-offline install debian-install.zip 

安裝指定的包your_package_name ：

sudo apt-get install your_package_name

您可以使用Windows Machine Tuto下載軟件包

Answer 3

你在泡菜里 R包機制希望您進行連接以獲取依賴關系。 也就是說，您可以獲得一些幫助：

R> AP <- available.packages(contrib.url(options("repos")$repos[1]))
R> revs <- tools::package_dependencies("shiny", AP, recursive=TRUE)[[1]]
R> revs
 [1] "methods"   "utils"     "httpuv"    "mime"     
 [5] "jsonlite"  "xtable"    "digest"    "htmltools"
 [9] "R6"        "Rcpp"      "tools"     "stats"    
R> 

現在，您可以再次查看AP ，並將其輸入到download.packages() 。

另外，其中的幾個（全部？）都位於較新的 Debian發行版中，因此您可以在下載模式下使用apt-get （也許按照另一個問題的建議使用apt-offline ）。

最后，我們確實提供了一個用於發光的Docker容器，因此，如果您在VM上使用它，則不需要其他任何東西。

Answer 4

sudo apt-get更新

須藤apt-get install r-cran-digest

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我不敢相信這是如此的容易。 我花了很長時間搜索，但得到的答案很差。 此命令可以解決所有問題。 我在trisquel上用過

Answer 5

在檢查了 stackoverflow 上的所有答案后，我無法准確找到如何在 Debian/linux 系統上安裝 r-base。 所以，我已經嘗試過自己並且能夠通過以下步驟運行：

Run below command on inte.net working Linux machine in a custom folder.

apt-get download r-base r-base-core r-recommended libmpfr6 libisl19 cpp cpp-8 cpp-4  gcc cpp-8 binutils-common libbinutils binutils-x86-64-linux-gn  gfortran linux-libc-dev g++ g++-8 libstdc make dpkg-dev perl-base perl-modules-5.28 libperl5.28 ibgdbm-compat4 zip  unzip  libpaper-utils xdg-utils libblas3 libblas.so.3 libcairo2 libcurl4 libgfortran5 libglib2.0-0 libice6 libicu63 libjpeg62-turbo liblapack3 liblapack.so.3 libpango-1.0-0 libpangocairo-1.0-0 libpng16-16 libsm6 libtcl8.6 libtiff5 libtk8.6 libx11-6 libxext6 libxss1 libxt6 ucf libfontconfig1 libfreetype6 libpixman-1-0 libxcb-render0 libxcb-shm0 libxcb1 libxrender1 libgssapi-krb5-2 libk5crypto3 libkrb5-3 libldap-2.4-2 libnghttp2-14 libpsl5 librtmp1 libssh2-1 libbsd0  x11-common fontconfig  libfribidi0 libthai0 libcairo2:amd64 libfontconfig1 libfreetype6 libpango-1.0-0:amd64 libpangoft2-1.0-0 fontconfig-config libkeyutils1 libkrb5support0 libkeyutils1 libkrb5support0 libkeyutils1 libkrb5support0 libsasl2-2 libldap-common fontconfig-config libharfbuzz0b libpaper1 libsasl2-modules-db libthai-data libdatrie1 libwebp6 libjbig0 libxft2 libx11-data libxau6 libxdmcp6 fonts-dejavu-core ttf-bitstream-vera fonts-liberation libgraphite2-3 lsb-base sensible-utils  r-cran-boot r-cran-cluster r-cran-foreign r-cran-kernsmooth r-cran-lattice r-cran-mgcv r-cran-nlme r-cran-rpart r-cran-survival r-cran-mass r-cran-class r-cran-nnet r-cran-spatial r-cran-codetools r-cran-matrix

This will create debian files inside the folder.

`Execute tar -zcf folder.tar.gz folder`

將此文件夾.tar.gz 復制到離線計算機中，進入文件夾后執行以下命令。

 dpkg -i *

現在通過鍵入檢查系統中的 R

R --version