如何在离线的Debian机器上安装一个R package？

Question

我有一个 Debian 虚拟机，它没有连接到 inte.net。 然而，我仍然可以从具有 inte.net 连接的本地计算机上 scp 任何文件。 为了提供一点上下文，我尝试在 VM 上托管一个 shiny 应用程序。

我仍然可以使用“apt-get”命令安装旧版本的 R 3.1.1：

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

然而，在查看列表时仍然找不到“闪亮的”package：

sudo apt-cache search "^r-.*" | sort

所以，我在想我是否可以将“shiny.tar.gz”scp 到虚拟机并在本地安装 package？ 我怎么能离线安装任何 R package？

我试过类似的东西：

install.packages('/home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz', repos = NULL, type = "source")

然而，它没有通过 go 和错误消息如下：

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in type == "both" : 
comparison (1) is possible only for atomic and list types
Calls: install.packages
Execution halted

然后，我用另一个“R CMD”试了一下：

R CMD INSTALL /home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz

我收到错误消息，告诉我缺少依赖项：

* installing to library ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’
ERROR: dependencies ‘httpuv’, ‘mime’, ‘jsonlite’, ‘xtable’, ‘digest’, ‘htmltools’, ‘R6’ are not available for package ‘shiny’
* removing ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/shiny’

如何从源代码成功安装 shiny package？ 我是否应该提前 go 来安装所有依赖项和依赖项的依赖项？

Answer 1

Shiny有一些软件包依赖项，“ R CMD INSTALL”将不会为您找到它们，因此您需要手动获取它们。 根据Shiny的描述，它的依赖项为：'Rcpp'，'httpuv'，'mime'，'jsonlite'，'xtable'，'digest'，'htmltools'，'R6'。 因此，首先，请从cran获取软件包（以下是当前版本，但是它们会随着时间的推移而变化。请注意，以下是针对连接到Internet的计算机的信息，在继续之前，您需要将它们打包到脱机计算机中）：

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.12.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/httpuv_1.3.3.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/mime_0.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/jsonlite_0.9.19.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/digest_0.6.9.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/htmltools_0.3.5.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/R6_2.1.2.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/shiny_0.13.2.tar.gz

然后使用R CMD INSTALL按照相同的顺序进行处理。 例如：

R CMD INSTALL Rcpp_0.12.4.tar.gz

一旦所有依赖项都存在，R CMD INSTALL应该让您安装Shiny。

Answer 2

要在Debian上安装一些package-offline，可以使用apt-offline ：

apt-offline可以完全更新和升级基于APT的发行版，而无需连接到网络，所有这些对APT都是透明的。

apt-offline可用于在计算机（无网络）上生成签名。 该签名包含APT数据库系统所需的所有下载信息。 该签名文件可以在连接到互联网的另一台计算机上使用（不必是Debian盒子，甚至可以运行Windows）以下载更新。 下载的数据将包含APT可以理解的格式的所有更新，并且apt-offline可以使用此数据来更新未联网的计算机。

在离线os（Debian）上安装apt-offline ，然后键入以下命令（以导入丢失的密钥）：

sudo apt-key exportall | sudo gpg --no-default-keyring --import --keyring /etc/apt/trusted.gpg

然后，您需要获取your_package_name的签名：

apt-offline set debian-install.sig --install-packages your_package_name

下一步，将debian-install.sig上载到在线系统并下载所需的文件。

apt-offline get debian-install.sig --bundle debian-install.zip 

将debian-install.zip文件上传到离线系统，使用apt-offline实用程序进行安装以更新APT数据库。

sudo apt-offline install debian-install.zip 

安装指定的包your_package_name ：

sudo apt-get install your_package_name

您可以使用Windows Machine Tuto下载软件包

Answer 3

你在泡菜里 R包机制希望您进行连接以获取依赖关系。 也就是说，您可以获得一些帮助：

R> AP <- available.packages(contrib.url(options("repos")$repos[1]))
R> revs <- tools::package_dependencies("shiny", AP, recursive=TRUE)[[1]]
R> revs
 [1] "methods"   "utils"     "httpuv"    "mime"     
 [5] "jsonlite"  "xtable"    "digest"    "htmltools"
 [9] "R6"        "Rcpp"      "tools"     "stats"    
R> 

现在，您可以再次查看AP ，并将其输入到download.packages() 。

另外，其中的几个（全部？）都位于较新的 Debian发行版中，因此您可以在下载模式下使用apt-get （也许按照另一个问题的建议使用apt-offline ）。

最后，我们确实提供了一个用于发光的Docker容器，因此，如果您在VM上使用它，则不需要其他任何东西。

Answer 4

sudo apt-get更新

须藤apt-get install r-cran-digest

---

我不敢相信这是如此的容易。 我花了很长时间搜索，但得到的答案很差。 此命令可以解决所有问题。 我在trisquel上用过

Answer 5

在检查了 stackoverflow 上的所有答案后，我无法准确找到如何在 Debian/linux 系统上安装 r-base。 所以，我已经尝试过自己并且能够通过以下步骤运行：

Run below command on inte.net working Linux machine in a custom folder.

apt-get download r-base r-base-core r-recommended libmpfr6 libisl19 cpp cpp-8 cpp-4  gcc cpp-8 binutils-common libbinutils binutils-x86-64-linux-gn  gfortran linux-libc-dev g++ g++-8 libstdc make dpkg-dev perl-base perl-modules-5.28 libperl5.28 ibgdbm-compat4 zip  unzip  libpaper-utils xdg-utils libblas3 libblas.so.3 libcairo2 libcurl4 libgfortran5 libglib2.0-0 libice6 libicu63 libjpeg62-turbo liblapack3 liblapack.so.3 libpango-1.0-0 libpangocairo-1.0-0 libpng16-16 libsm6 libtcl8.6 libtiff5 libtk8.6 libx11-6 libxext6 libxss1 libxt6 ucf libfontconfig1 libfreetype6 libpixman-1-0 libxcb-render0 libxcb-shm0 libxcb1 libxrender1 libgssapi-krb5-2 libk5crypto3 libkrb5-3 libldap-2.4-2 libnghttp2-14 libpsl5 librtmp1 libssh2-1 libbsd0  x11-common fontconfig  libfribidi0 libthai0 libcairo2:amd64 libfontconfig1 libfreetype6 libpango-1.0-0:amd64 libpangoft2-1.0-0 fontconfig-config libkeyutils1 libkrb5support0 libkeyutils1 libkrb5support0 libkeyutils1 libkrb5support0 libsasl2-2 libldap-common fontconfig-config libharfbuzz0b libpaper1 libsasl2-modules-db libthai-data libdatrie1 libwebp6 libjbig0 libxft2 libx11-data libxau6 libxdmcp6 fonts-dejavu-core ttf-bitstream-vera fonts-liberation libgraphite2-3 lsb-base sensible-utils  r-cran-boot r-cran-cluster r-cran-foreign r-cran-kernsmooth r-cran-lattice r-cran-mgcv r-cran-nlme r-cran-rpart r-cran-survival r-cran-mass r-cran-class r-cran-nnet r-cran-spatial r-cran-codetools r-cran-matrix

This will create debian files inside the folder.

`Execute tar -zcf folder.tar.gz folder`

将此文件夹.tar.gz 复制到离线计算机中，进入文件夹后执行以下命令。

 dpkg -i *

现在通过键入检查系统中的 R

R --version