R中的類似生存曲線

Question

我想使用以下數據集創建“生存”曲線：

mydata <- read.table(text="ID Onset_weeks Group
Sample1 15.57142857 A
Sample2 16 A
Sample3 14 A
Sample4 NA A
Sample5 16.14285714 A
Sample6 14.28571429 A
Sample7 NA A
Sample8 NA A
Sample9 NA A
Sample10 10.57142857 A
Sample11 14.28571429 B
Sample12 10.28571429 B
Sample13 18.28571429 B
Sample14 12.14285714 B
Sample15 12.14285714 B
Sample16 NA B
Sample17 15.85714286 B
Sample19 19.85714286 B", head=TRUE)

我想繪制每周（從0到20周）患有這種疾病的人的百分比。 我想在同一圖中有兩條“生存”曲線，每組（A，B）一條。

我已經嘗試了以下代碼，但是由於腳本認為“ Onset_weeks”是指死亡，所以我得到的兩條曲線正在下降而不是上升。

library(survival)
mydata$SurvObj <- with(mydata, Surv(Onset_weeks))
km.by.group <- survfit(SurvObj ~ Group, data = mydata, conf.type = "log-log")
plot(km.by.group)

Answer 1

需要構造censor標志，並且需要將檢查病例的時間設置為整個觀察期間。 看來我們被要求將其視為持續時間長或至少延長到監測期結束之后的疾病。

mydata$Onset_weeks[is.na(mydata$Onset_weeks)] <- 20
mydata$censor <- mydata$Onset_weeks != 20

km.by.group <- survfit(Surv(Onset_weeks, censor) ~ Group, data = mydata)
plot(km.by.group, fun='event')

為Therneau稱為“競爭事件”的顯示選擇survfit對象的繪圖版本。