沒有顯示ggplot2上的Stat_smooth

Question

我試圖在我的ggplot中添加一行lm，代碼如下所示：

# RING data:
#### Read data & Converting factors ####
dat <- read.table("RING R kopi.txt", header=TRUE)  
str(dat)
dat$Vial <- as.factor(dat$Vial)
dat$Line <- as.factor(dat$Line)
dat$rep <- as.factor(dat$rep)
dat$fly <- as.factor(dat$fly)  
str(dat)

datSUM <- summaryBy(t05+t10+t15+t20+t25+t30~rep+Conc+Sex+Line+Vial,data=dat, FUN=sum)
fl<-levels(datSUM$Line)
datA <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="a",])
datB <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="b",])
datC <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="c",]) 
datD <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="d",])
datE <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="e",])
datX <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="x",])
datY <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="y",])


c <- ggplot(Line, t05.sum, data= datA, facets=Sex~rep)
c + stat_smooth(method=lm, fullrange = TRUE) + geom_point()

該腳本運行但沒有添加任何行，我也嘗試過使用

c + stat_smooth(method=lm) + geom_point()
c + stat_smooth(method=lm, fullrange=TRUE, alpha = 0.05) + geom_point()
c <- qplot(aes(y=Line, x=t05.sum), data= datA, facets=Sex~rep)
c + stat_smooth(method=lm, fullrange = TRUE) + geom_point()

結果：

數據集子集：

結構（列表（rep =結構（c）（1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L， 1L，1L，1L，1L，1L）,. Label = c（“1”，“2”，“3”），class =“factor”），Conc =結構（c（1L，1L，1L，1L， 1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L），。標簽=“a”， class =“factor”），性別=結構（c（1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L ，1L，2L，2L，2L，2L，2L）,. Label = c（“f”，“m”），class =“factor”），線=結構（c（1L，1L，1L，1L，1L） ，2L，2L，2L，2L，2L，3L，3L，3L，3L，3L，4L，4L，4L，4L，4L，1L，1L，1L，1L，1L），。標簽= c（“20” ，“23”，“40”，“73”），類=“因子”），Vial =結構（c（3L，14L，24L，31L，38L，4L，12L，21L，26L，35L，6L，8L） ，9L，37L，40L，2L，10L，11L，28L，33L，13L，15L，18L，22L，27L）,.標簽= c（“89”，“92”，“102”，“112”，“ 113“，”118“，”124“，”126“，”137“，”138“，”139“，”152“，”154“，”155“，”161“，”163“，”166“ ，“168”，“171”，“173”，“179”，“182”，“184”，“185”，“187”，“201”，“ 203“，”205“，”215“，”218“，”220“，”222“，”225“，”231“，”240“，”245“，”251“，”252“，”260“ ，“267”），類=“因子”），t05.sum = c（39.15,63.99,44.55,25.65,54.24,8.37,72.09,19.17,56.43,78.24,140.13,29.43,19.71,100.32,92.16,11.61 ，71.55,76.41,123.39,142.29,56.97,66.15,21.33,66.15,33.75），t10.sum = c（59.67,79.65,60.21,8.91,85.44,15.93,101.79,41.85,76.95,84.96,98.55,36.45， 31.59,115.2,92.16,26.88,90.99,95.31,127.17,173.61,74.79,81.27,38.61,80.73,101.25），t15.sum = c（78.57,107.73,80.73,59.67,118.56,39.15,98.01,75.33,76.95 ，90.24,122.85,41.31,51.57,126.24,90.24,43.99,111.51,119.07,134.73,190.89,118.53,121.47,68.64,97.47,120.69），t20.sum = c（92.61,144.45,109.35,89.37,139.68， 59.13,103.41,109.89,74.25,105.6,127.71,54.81,75.87,132.96,93.12,65.07,147.15,127.17,147.69,212.49,163.35,138.51,89.91,120.15,142.29），t25.sum = c（102.33,162.27） ，127.71,113.13,168.96,76.41,125.55,135.81,74.79,114.72,136.35， 68.31,95.85,139.2,92.64,111.51,185.49,129.87,145.53,220.05,196.83,151.47,136.35,121.23,154.17），t30.sum = c（127.71,177.93,171.45,148.23,195.84,93.69,145.53,166.05 ，86.13,122.88,147.15,91.53,119.07,142.08,92.16,147.69,200.07,134.73,140.67,226.53,219.51,150.93,155.25,124.47,144.99））,. Name = c（“rep”，“Conc”， “性別”，“線”，“小瓶”，“t05.sum”，“t10.sum”，“t15.sum”，“t20.sum”，“t25.sum”，“t30.sum”），行.names = c（NA，25L），class =“data.frame”）

Answer 1

我正在使用你發布的dput輸出作為我的datA。

檢查datA，我們可以看到Line是一個因素：

'data.frame':   25 obs. of  11 variables:
 $ rep    : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Conc   : Factor w/ 1 level "a": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Sex    : Factor w/ 2 levels "f","m": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Line   : Factor w/ 4 levels "20","23","40",..: 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
 [TRUNCATED]

因此，當您嘗試使用“stat_smooth”時，它不知道在嘗試適合平滑時如何處理Line級別。

在繪圖之前，您需要將Line轉換為數字。

您可以通過更改數據框來執行此操作：

datA$Line <- as.numeric(as.character(Line)) # need to convert before to char
# or the numeric values will become the internal factor numbers and not the labels

然后你就像你做的那樣：

c <- qplot(Line, t05.sum, data= datA, facets=Sex~rep)
c + stat_smooth(method=lm, fullrange = TRUE) + geom_point()

你也可以在qplot調用上進行轉換，如下所示：

c <- qplot(as.numeric(as.character(Line)), t05.sum, 
        data= datA, facets=Sex~rep)

Answer 2

缺少數據，我剛創建了一個玩具數據框。 我想這就是你需要的：

set.seed(1)
df <- data.frame(Line = sample(c(20, 23, 40, 73), 100, TRUE), 
                 t = runif(100, 0, 200), 
                 Sex = sample(c("F", "M"), 100, TRUE), 
                 rep = sample(c("1", "2", "3"), 100, TRUE))

然后繪圖：

library(ggplot2)

ggplot(df, aes(x= Line, y = t)) + 
  geom_point() + 
  facet_grid(Sex~rep) + 
  stat_smooth()