如何在R中使用varclus切割樹狀圖？

Question

我正在使用Hmisc軟件包中的varclus執行變量聚類（我的變量都是數字的）。 但是，我找不到獲取有關所獲得集群的更多信息的方法。 我試圖cutree從hclust ，但沒有奏效。 我可以獲取的有關集群及其中包含的變量的唯一信息是可視化樹，但這不是很有用...

有人知道與cutree的varclus類似的功能嗎？ 還是執行變量聚類的另一個功能？ 我是R新用戶，因此非常歡迎您提供任何幫助！

這是我要剪切的樹狀圖的示例。

install.packages('dprep')
library(dprep)
library(datasets)

mxionosphere <- data.matrix(ionosphere)
v <- varclus(mxionosphere)
plot(v)

我想削減獲得的樹狀圖作為輸出。

非常感謝！

Answer 1

您仍然可以對varclus()使用cutree() ， varclus()提取hclust對象即可。 您也可以使用帶有hclustvar()和cutreevar()函數的ClustOfVar軟件包來執行此操作：

使用Varclus() ：

您可以使用cutree函數，只需先從v提取hclust對象。 之所以varclus()是因為在varclus()函數中完成的聚類實際上是由hclust()完成的。 參見？Hmisc :: varclus

然后，您的代碼可以如下使用：

library(dprep)
library(datasets)
mxionosphere <- data.matrix(ionosphere)
v <- varclus(mxionosphere)
groups <- cutree(v$hclust, 10)

它將輸出每個變量所屬的群集，就像hclust 。

使用ClustOfVar軟件包： （ https://cran.r-project.org/web/packages/ClustOfVar/ClustOfVar.pdf ）

與varclus()類似， hclustvar()將對變量執行分層聚類。 然后，您可以使用cutreevar()將樹狀圖切割為k組。

libary(ClustOfVar)
h<-hclustvar(mxionosphere)
clusters<-cutreevar(h, k=10)
groups<-clusters$cluster ##extract clusters values similar to cutree()