基於外部標簽的顏色樹狀圖分支向上到根，直到標簽匹配

Question

從問題使用現有色譜柱的樹狀圖的顏色分支 ，我可以為樹形圖的葉子附近的樹枝着色。 編碼：

x<-1:100
dim(x)<-c(10,10)
set.seed(1)
groups<-c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue", "red", "blue")
x.clust<-as.dendrogram(hclust(dist(x)))

x.clust.dend <- x.clust
labels_colors(x.clust.dend) <- groups
x.clust.dend <- assign_values_to_leaves_edgePar(x.clust.dend, value = groups, edgePar = "col") # add the colors.
x.clust.dend <- assign_values_to_leaves_edgePar(x.clust.dend, value = 3, edgePar = "lwd") # make the lines thick
plot(x.clust.dend) 

生成樹狀圖，如下所示： 但是，我想將樹枝朝向根部着色，直到當前分支中的所有樹葉具有相同的標簽。 即使有一個不匹配的開關到默認的黑色。 我希望得到的樹形圖看起來像

我想要的與使用color_branches有點不同

x.clust.dend <-color_branches(x.clust.dend,k=3)

因為它的顏色基於自己的集群而不是基於某些外部標簽。

Answer 1

您正在尋找的功能是branches_attr_by_clusters 。 以下是如何使用它：

library(dendextend)

x <- 1:100
dim(x) <- c(10, 10)
set.seed(1)
groups <- c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue", "red", "blue")
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))

clusters <- as.numeric(factor(groups, levels = c("red", "blue")))
dend2 <-
  branches_attr_by_clusters(dend , clusters, values = groups)
plot(dend2)

最初創建此函數是為了顯示dynamicTreeCut的結果。 請參閱插圖以獲取另一個示例 。