無法訪問返回的 h5py object 實例

Question

我這里有一個很奇怪的問題。 我有 2 個函數：一個讀取使用 h5py 創建的 HDF5 文件，另一個創建一個新的 HDF5 文件，該文件連接前一個 function 返回的內容。

def read_file(filename):
    with h5py.File(filename+".hdf5",'r') as hf:

        group1 = hf.get('group1')
        group1 = hf.get('group2')            
        dataset1 = hf.get('dataset1')
        dataset2 = hf.get('dataset2')
        print group1.attrs['w'] # Works here

        return dataset1, dataset2, group1, group1

並創建文件 function

def create_chunk(start_index, end_index):

    for i in range(start_index, end_index):
        if i == start_index:
            mergedhf = h5py.File("output.hdf5",'w')
            mergedhf.create_dataset("dataset1",dtype='float64')
            mergedhf.create_dataset("dataset2",dtype='float64')

            g1 = mergedhf.create_group('group1')
            g2 = mergedhf.create_group('group2')

    rd1,rd2,rg1,rg2 = read_file(filename)

    print rg1.attrs['w'] #gives me <Closed HDF5 group> message

    g1.attrs['w'] = "content"
    g1.attrs['x'] = "content"
    g2.attrs['y'] = "content"
    g2.attrs['z'] = "content"
    print g1.attrs['w'] # Works Here
return mergedhf.get('dataset1'), mergedhf.get('dataset2'), g1, g2

def calling_function():
    wd1, wd2, wg1, wg2 = create_chunk(start_index, end_index)
    print wg1.attrs['w'] #Works here as well

現在的問題是，我可以訪問由 wd1、wd2、wg1 和 wg2 創建和表示的新文件中的數據集和屬性，我可以訪問屬性數據，但我無法執行我已閱讀並返回的內容的價值。

當我返回對調用 function 的引用時，任何人都可以幫我獲取數據集和組的值嗎？

Answer 1

問題出在read_file中，這一行：

with h5py.File(filename+".hdf5",'r') as hf:

這將在with塊的末尾關閉hf ，即當read_file返回時。 發生這種情況時，數據集和組也會關閉，您將無法再訪問它們。

有（至少）兩種方法可以解決這個問題。 首先，您可以像在create_chunk中一樣打開文件：

hf = h5py.File(filename+".hdf5", 'r')

並在關閉它之前保留對hf的引用，只要你需要它：

hf.close()

另一種方法是從read_file中的數據集中復制數據並返回這些數據：

dataset1 = hf.get('dataset1')[:]
dataset2 = hf.get('dataset2')[:]

請注意，您不能對組執行此操作。 只要您需要對組執行操作，文件就需要打開。

Answer 2

添加到@Yossarian 的回答

問題出在 read_file 中，這一行： with h5py.File(filename+".hdf5",'r') as hf:這會在 with 塊的末尾關閉 hf，即當 read_file 返回時。 發生這種情況時，數據集和組也會關閉，您將無法再訪問它們。

對於那些遇到這種情況並正在閱讀標量數據集的人，請確保使用[()]進行索引：

scalar_dataset1 = hf['scalar_dataset1'][()]

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前言

我遇到了與 OP 類似的問題，導致返回值<closed hdf5 dataset> 。 但是，在嘗試使用[:]對我的標量數據集進行切片時，我會得到一個ValueError 。

"ValueError: Illegal slicing argument for scalar dataspace"

使用[()]進行索引以及@Yossarian 的回答有助於解決我的問題。