R中igraph網絡中頂點的顏色調色板

Question

我正在使用`igraph1在R中繪制網絡圖。 該網絡有1,380個節點和大約150k邊緣。 以下是igraph的摘要：

IGRAPH UN-- 1380 159718 -- 
+ attr: name (v/c), rels (v/n), label (v/n), degree (v/n), btw (v/n), color (v/c), rels (e/n)

我正在嘗試添加一個顏色漸變，根據它們的中心性為節點着色。 我嘗試了幾個不同版本的代碼，首先來自這個例子 ：

# calculate betweenness
V(g_yearly)$btw <- betweenness(g_yearly)

# construct color palette
fine <- 100
palette <- colorRampPalette(c('blue','green'))

# assign palette to nodes
V(g_yearly)$color <- palette(fine) [as.numeric(cut(V(g_yearly)$btw,breaks=fine))]

# plot network 
plot.igraph(g_yearly,vertex.shape="circle",vertex.size=1,vertex.label.cex=0.6,layout=lgl(g_yearly),edge.arrow.size=0,edge.width=E(g_yearly)$rels/50)

我收到以下錯誤和追溯：

Error in seq.int(0, 1, length.out = n) : 
  'length.out' must be a non-negative number 
  9 .approxfun(x, y, v, method, yleft, yright, f) 
  8 palette[[1L]](x) 
  7 cbind(palette[[1L]](x), palette[[2L]](x), palette[[3L]](x), if (alpha) palette[[4L]](x)) 
  6 pmin(rgb, 1) 
  5 pmax(pmin(rgb, 1), 0) 
  4 roundcolor(cbind(palette[[1L]](x), palette[[2L]](x), palette[[3L]](x), 
if (alpha) palette[[4L]](x))) 
  3 ramp(seq.int(0, 1, length.out = n)) 
  2 palette(palette) 
  1 plot.igraph(g_yearly, vertex.shape = "circle", vertex.size = 1, 
vertex.label.cex = 0.6, layout = layout.lgl(g_yearly), edge.arrow.size = 0, 
edge.width = E(g_yearly)$rels/50) 

In addition: Warning message:
In .approxfun(x, y, v, method, yleft, yright, f) :
NAs introduced by coercion

如果我使用rainbow功能，這很好用：

V(g_yearly)$color <- rainbow(V(g_yearly)$btw,start=3/6,end=4/6)

奇怪的是，在我運行第一段代碼之后，我似乎無法在網絡上運行繪圖而不會出現相同的錯誤 - 即使我刪除了對palette的調用。

我在palette做錯了什么？

Answer 1

我認為問題在於這一行：

# assign palette to nodes
V(g_yearly)$color <- palette(fine [as.numeric(cut(V(g_yearly)$btw,breaks=fine))]

palette的參數應該是單個整數， fine是長度為1的向量，因此嘗試使用除1之外的任何內容對其進行索引將失敗。 嘗試：

V(g_yearly)$color <- palette(fine)[ as.numeric( cut(V(g_yearly)$btw, breaks=fine)]   

（在沒有可重現的例子的情況下未經測試。）

Answer 2

我有同樣的問題，但發現了問題。 當你這樣做

palette <- colorRampPalette(c('blue','green'))

你重新定義'調色板'功能，因此igraph后來產生錯誤（我假設igraph使用'調色板'以一種或另一種方式。

這也解釋了為什么錯誤仍然存​​在

palette <- colorRampPalette(c('blue','green'))

做過一次。

Answer 3

在錯誤回溯中，您有第2行調色板（調色板）。 我想，你覆蓋變量，試試： 蒼白 < - colorRampPalette（c（'blue'，'green'））