在python中讀取* .mhd / *。raw格式

Question

任何人都可以告訴我如何在python中讀取包含.mhd / .raw文件的數據集？

Answer 1

最簡單的方法是使用SimpleITK （MedPy也使用ITK作為.mhd / .raw文件）。 命令

pip install SimpleITK

適用於許多python版本。 對於閱讀.mhd / .raw，您可以使用來自kaggle的代碼

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
'''
This funciton reads a '.mhd' file using SimpleITK and return the image array, origin and spacing of the image.
'''

def load_itk(filename):
    # Reads the image using SimpleITK
    itkimage = sitk.ReadImage(filename)

    # Convert the image to a  numpy array first and then shuffle the dimensions to get axis in the order z,y,x
    ct_scan = sitk.GetArrayFromImage(itkimage)

    # Read the origin of the ct_scan, will be used to convert the coordinates from world to voxel and vice versa.
    origin = np.array(list(reversed(itkimage.GetOrigin())))

    # Read the spacing along each dimension
    spacing = np.array(list(reversed(itkimage.GetSpacing())))

    return ct_scan, origin, spacing

Answer 2

安裝SimpleITK后，使用skimage可能會更容易

import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')

這將為您提供z，y，x排序的numpy數組。

Answer 3

添加上述帖子，您可以從此處下載的CT-Scan .mhd文件開始，並使用以下代碼顯示/保存29個圖像（假設您在當前目錄中同時下載了標題和原始文件）：

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pylab as plt
ct_scans = sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage("training_001_ct.mhd", sitk.sitkFloat32))
plt.figure(figsize=(20,16))
plt.gray()
plt.subplots_adjust(0,0,1,1,0.01,0.01)
for i in range(ct_scans.shape[0]):
    plt.subplot(5,6,i+1), plt.imshow(ct_scans[i]), plt.axis('off')
    # use plt.savefig(...) here if you want to save the images as .jpg, e.g.,
plt.show()

這是使用SimpleITK和動畫讀取的相同CT掃描.mhd文件：

Answer 4

您可以嘗試使用MedPy或此mhd_utils腳本