嘗試在 Linux 上的 R 中安裝 rgdal 包的問題

Question

我正在嘗試將 R（R 版本 3.2.4 修訂版）軟件包“rgdal”安裝到我的 Linux Ubuntu 14.04 上，但是該軟件包在嘗試加載依賴項（特別是 sqlite）時遇到了困難。

錯誤如下：

checking for gdal.h... yes
checking gdal: linking with --libs only... no
checking gdal: linking with --libs and --dep-libs... no
/usr/lib/libgdal.so: undefined reference to `sqlite3_column_table_name'
collect2: error: ld returned 1 exit status

我根據此處的說明更新了 GDAL/OGR，因為我認為這可能是問題所在。 現在，當我在終端中輸入 gdalinfo 或 ogrinfo 時，會出現類似的錯誤：

gdalinfo: symbol lookup error: /usr/lib/libgdal.so.1: undefined 
symbol: sqlite3_column_table_name

當我查看我的 usr/local/lib 時，存在以下 sqlite 庫：

libsqlite3.a libsqlite3.la libsqlite3.so libsqlite3.so.0   
libsqlite3.so.0.8.6

有趣的是，這個包上周在 R 中運行良好，現在壞了......

任何幫助表示贊賞！ 謝謝。

-凱特琳

Answer 1

當我嘗試升級 GDAL 時偶然發現了這個錯誤。 當我配置 sqlite 進行安裝時，修復是ENABLE_COLUMN_METADATA

sudo CFLAGS="-DSQLITE_ENABLE_COLUMN_METADATA=1" ./configure

有關更多詳細信息，請參閱sqlite 編譯時選項

Answer 2

聽起來像是該共享庫的問題，是否在不使用包管理器的情況下安裝/更新系統中的任何內容？ （我相信它合適嗎？）

您系統中的 libgdal.so.1 是針對某些版本的 libsqlite 庫編譯的，現在在您更新其他內容后，該庫已更改但 libgdal 仍然是同一個文件。

我從未使用過 Ubuntu，但在 Linux 中我使用 (arch) 這就是不鼓勵部分更新的原因（例如只更新一個程序）

所以我建議嘗試完整的系統更新，或者至少更新 sqllite 庫。