[英]Does the order of a HClust object give the order in which the labels are appearing on a tree?
[英]order of labels in corrplot after hclust
在我的數據集中,變量屬於不同的組,我想為每個變量分配顏色:
mycolors <- rep(NA,11)
names(mycolors) <- names(mtcars)
mycolors[1:4] <- 'green' # mpg, cyl, disp, hp
mycolors[5:9] <- 'red' # drat, wt, qsec, vs, am
mycolors[10:11] <- 'blue' # gear, carb
現在,我想構建一個相關矩陣並為標簽着色:
M <- cor(mtcars)
corrplot(M, tl.col = mycolors)
這可以正常工作,但是如果我使用hclust
對其進行hclust
,則標簽的排列順序會不同,從而導致顏色錯誤:
如何在hclust
之后hclust
標簽的實際順序,以便我可以重新分配顏色? 我嘗試使用以下內容:
myclust <- hclust(dist(M))
myclust$labels[myclust$order]
這使順序與原始順序不同,但仍與corrplot中使用的順序不同...
使用此處的想法,您可以對顏色向量進行重新排序,使其符合hclust
有序矩陣的順序。
ord <- corrMatOrder(M, order="hclust")
newcolours <- mycolors[ord]
newcolours
# carb wt hp cyl disp qsec vs mpg drat am
# "blue" "red" "green" "green" "green" "red" "red" "green" "red" "red"
# gear
# "blue"
corrplot(M, tl.col = newcolours, order = "hclust")
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