R熱圖：為單元格值= 0隱藏單元格注釋

Question

我有一個使用gplots構建的工作熱圖，如下所示：

heatmap.2(as.matrix(matrix1),cellnote=as.matrix(matrix1),
    notecol="black",margins =c(9,6),trace="none",density.info="none",
    col=my_palette,Rowv=NA,Colv=NA,dendrogram="none",scale="row")

matrix1的基礎數據如下所示：

A       AA        AAA        BBB         CASH

CASH    0         0          0           0
JSUB    0.22171   0          0           2.20712
SECR    2.92828   1.97112    3.53786     0.91444
SENR    18.86672 11.53339   15.06844    21.57709
SSEN    5.707     1.96225    0.57815     2.93462
SSUB    0.36507   0.07968    0           0.44985
SUB     1.0539    0          0           2.37103
T1      0         0          0           0.56024
T2      1.87901   0          0           3.00718
UT2     0         0          0           0.15787

我的matrix1是使用reshape包使用cast函數創建的數據透視表，其中包含許多零。 每當矩陣中的值為零時，我都不想顯示“單元格注釋”，因為這只會混淆熱圖。

但是，到目前為止，我還沒有弄清楚如何做到這一點，並感謝任何建議。

謝謝！

Answer 1

對我來說，它的工作只是制作一個用NA替換零的新矩陣，並將其作為參數傳遞給cellnote 。

matrix2 <- as.matrix(matrix1)
matrix2[matrix2 == 0] <- NA

使用matrix2重新運行代碼

heatmap.2(as.matrix(matrix1),cellnote=matrix2,
      notecol="black",margins =c(9,6),trace="none",density.info="none",
      col=my_palette,Rowv=NA,Colv=NA,dendrogram="none",scale="row")

給

（順便說一句，您沒有提供my_palette ，因此在此示例中我將其進行了哈希處理。）