[英]Converting GraphML file to another
嗨,我有一個簡單的 graphML 文件,我想從 GraphML 中刪除節點標記並將其保存在另一個 GraphML 文件中。 GraphML 大小為 3GB,下面給出的是示例。
輸入文件 :
<?xml version="1.0" ?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd">
<key id="weight" for="edge" attr.name="weight" attr.type="string"></key>
<graph id="G" edgedefault="directed">
<node id="1"></node>
<node id="2">
</node>
<node id="3">
</node>
<node id="4">
</node>
<node id="5">
</node>
<edge id="6" source="1" target="2">
<data key="weight">3</data>
</edge>
<edge id="7" source="2" target="4">
<data key="weight">1</data>
</edge>
<edge id="8" source="2" target="3">
<data key="weight">9</data>
</edge>
</graph>
</graphml>
所需輸出:
<?xml version="1.0" ?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd">
<key id="weight" for="edge" attr.name="weight" attr.type="string"></key>
<graph id="G" edgedefault="directed">
<edge id="6" source="1" target="2">
<data key="weight">3</data>
</edge>
<edge id="7" source="2" target="4">
<data key="weight">1</data>
</edge>
<edge id="8" source="2" target="3">
<data key="weight">9</data>
</edge>
</graph>
</graphml>
有沒有辦法做到這一點?
有一個python模塊來處理graphml。 奇怪的是,該文檔沒有remove
或delete
功能。
由於 graphml 是 xml 標記,因此您可以改用 xml 模塊。 我用過xmltodict並且非常喜歡它。 此模塊允許您將 xml 代碼加載到 python 對象。 修改對象后,可以將其保存回xml。
如果data
是包含 xml 的字符串:
data_object=xmltodict.parse(data)
del data_object["graphml"]["graph"]["node"]
xmltodict.unparse(data_object, pretty=True)
這將刪除node
條目,unparse 將返回一個帶有 xml 的字符串。
如果 xml 的結構變得更復雜,則需要在data_object
搜索節點。 但這應該不是問題,它只是一個有序的字典。
另一個問題可能是 xml 的大小。 3GB 很多。 xmltodict 確實支持大文件的流模式,但這是我從未使用過的。
在閱讀了一些鏈接之后,我想出了迭代解析的解決方案。 Bt 我無法弄清楚簡單解析和迭代解析在 RAM 使用方面的區別。
重要鏈接:
- http://www.ibm.com/developerworks/xml/library/x-hiperfparse/
- 使用 lxml 和 iterparse() 來解析一個大 (+- 1Gb) XML 文件
代碼 :
導入 lxml.etree as et
graphml = {
"graph": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}graph",
"node": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}node",
"edge": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}edge",
"data": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data",
"weight": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='weight']",
"edgeid": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='edgeid']"
}
for event, elem in et.iterparse("/data/sample.graphml",tag=graphml.get("edge"), events = ('end', )):
print(et.tostring(elem))
elem.clear()
while elem.getprevious() is not None:
del elem.getparent()[0]
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