将 GraphML 文件转换为另一个

Question

嗨，我有一个简单的 graphML 文件，我想从 GraphML 中删除节点标记并将其保存在另一个 GraphML 文件中。 GraphML 大小为 3GB，下面给出的是示例。

输入文件 ：

<?xml version="1.0" ?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd">
    <key id="weight" for="edge" attr.name="weight" attr.type="string"></key>
    <graph id="G" edgedefault="directed">
        <node id="1"></node>
        <node id="2">
        </node>
        <node id="3">
        </node>
        <node id="4">
        </node>
        <node id="5">
        </node>
        <edge id="6" source="1" target="2">
            <data key="weight">3</data>
        </edge>
        <edge id="7" source="2" target="4">
            <data key="weight">1</data>
        </edge>
        <edge id="8" source="2" target="3">
            <data key="weight">9</data>
        </edge>
    </graph>
</graphml>

所需输出：

<?xml version="1.0" ?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd">
    <key id="weight" for="edge" attr.name="weight" attr.type="string"></key>
    <graph id="G" edgedefault="directed">
        <edge id="6" source="1" target="2">
            <data key="weight">3</data>
        </edge>
        <edge id="7" source="2" target="4">
            <data key="weight">1</data>
        </edge>
        <edge id="8" source="2" target="3">
            <data key="weight">9</data>
        </edge>
    </graph>
</graphml>

有没有办法做到这一点？

Answer 1

有一个python模块来处理graphml。 奇怪的是，该文档没有remove或delete功能。

由于 graphml 是 xml 标记，因此您可以改用 xml 模块。 我用过xmltodict并且非常喜欢它。 此模块允许您将 xml 代码加载到 python 对象。 修改对象后，可以将其保存回xml。

如果data是包含 xml 的字符串：

data_object=xmltodict.parse(data)
del data_object["graphml"]["graph"]["node"]
xmltodict.unparse(data_object, pretty=True)

这将删除node条目，unparse 将返回一个带有 xml 的字符串。

如果 xml 的结构变得更复杂，则需要在data_object搜索节点。 但这应该不是问题，它只是一个有序的字典。

另一个问题可能是 xml 的大小。 3GB 很多。 xmltodict 确实支持大文件的流模式，但这是我从未使用过的。

Answer 2

在阅读了一些链接之后，我想出了迭代解析的解决方案。 Bt 我无法弄清楚简单解析和迭代解析在 RAM 使用方面的区别。

重要链接：
- http://www.ibm.com/developerworks/xml/library/x-hiperfparse/
- 使用 lxml 和 iterparse() 来解析一个大 (+- 1Gb) XML 文件

代码 ：

导入 lxml.etree as et

graphml = {  
   "graph": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}graph",  
   "node": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}node",  
   "edge": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}edge",  
   "data": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data",  
   "weight": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='weight']",  
   "edgeid": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='edgeid']"  
}



for event, elem in et.iterparse("/data/sample.graphml",tag=graphml.get("edge"), events = ('end', )):  
    print(et.tostring(elem))
    elem.clear()
    while elem.getprevious() is not None:
        del elem.getparent()[0]