rpy2 將 .RData 文件中的多個 DataFrames 加載到 pandas

Question

我在系統中有一個.RData文件，其中包含三個對象 - 所有 R- DataFrame 。 我想將它們作為 pandas DataFrames 加載到 python 中。 我得到的問題是，對象不是通過rpy加載的，只有它們的名稱：

from rpy2.robjects import r
from rpy2.robjects import pandas2ri
import pandas as pd
file="./normalization.RData"
rf = r.load(file)
rf

<StrVector - Python:0x7fdf1a28cb08 / R:0x4ce82c8>
['df1', 'df2', 'df3']

f1[2]

'annodf'
In [11]:

要么只加載名稱，要么我不明白如何從 RData 訪問/轉換 DF。

有人有解決方案嗎？

Answer 1

好的 - 我剛剛意識到該對象並沒有真正加載到rf變量中，而是加載到代表 R 環境的rpy2.rojbects.r中。這很棘手！

因此，以下工作：

import pandas as pd
from rpy2.robjects import r
import rpy2.robjects.pandas2ri as pandas2ri


#load into the env
file="./normalization.RData"
rf=r['load'](file)
rf

<StrVector - Python:0x7fdf1a28cb08 / R:0x4ce82c8>
['df1', 'df2', 'df3']

#acces file in env and convert
df2=pandas2ri.ri2py_dataframe(r['df2'])
type(df2)

pandas.core.frame.DataFrame

Answer 2

對於那些得到以下錯誤的人：

AttributeError: module 'rpy2.robjects.pandas2ri' has no attribute 'ri2py_dataframe'

改變這個：

df2 = pandas2ri.ri2py_dataframe(r['df2'])

對此：

df2 = rpy2.robjects.conversion.rpy2py(r['df2'])

使用的 R 版本：3.6.3