從子區域列表中困惑區域

Question

我有一長串的值x和y，並按x值的值排序。 我想輸出一個最長連續范圍的x和y值的列表。 說起來有點困難，但是希望通過以下示例可以使它變得清楚：

0, 148
0, 145
0, 186
0, 5768
600, 2374
2376, 2415
3000, 4315
6000, 6616
6000, 6799
6000, 7262

由於任何條目均未覆蓋5768和6000之間的區域，因此以上內容應輸出：

0, 5768
6000, 7262

在我看來，這似乎應該是一個簡單的問題，但是我一直在解決它一段時間。 我已經在下面發布了我的代碼。 我目前的工作問題是，在對x值進行排序的同時，第k行的x值可能超過第k-1行的y值，但沒有標記新的連續字符串的開始。

lines = [line.strip('\n') for line in open('test')]
myarray=[]
for line in lines:
    myarray.append(line.split(', '))

def findCoveredRegions(regionArray):
    resultsContigs = []
    j = regionArray[0][1]
    i = regionArray[0][0]
    for line in regionArray:
        last_i = i
        i = line[0]
        if i <= j:
            if line[1] > j:
                j = line[1]
        else:
            resultsContigs.append([last_i,j])
    resultsContigs.append([i,regionArray[len(regionArray)-1][1]])

    return resultsContigs

print findCoveredRegions(myarray)

Answer 1

這是一個numpy的解決方案

myarray = np.asanyarray(myarray)
order = np.argsort(myarray.ravel())
coverage = np.add.accumulate(1 - 2*(order%2))
gaps = np.where(coverage==0)[0]
left = order[np.r_[0, gaps[:-1] + 1]]
right = order[gaps]
result = myarray.ravel()[np.c_[left, right]]

它匯集並排序所有邊界。 然后從左到右計數遇到的左（+1）和右（-1）個邊界。 這個數字永遠不會為負，只有在存在差距的地方才降至零。 從間隙的位置重建覆蓋的間隔。

Answer 2

這不會特別快，但是我認為它相當Python且可讀。 它不需要或使用間隔的排序列表。

intervals = [(0, 148),
 (0, 145),
 (0, 186),
 (0, 5768),
 (600, 2374),
 (2376, 2415),
 (3000, 4315),
 (6000, 6616),
 (6000, 6799),
 (6000, 7262)]


def intersect(interval_a, interval_b):
    """Return whether two intervals intersect"""
    (a_bottom, a_top), (b_bottom, b_top) = interval_a, interval_b
    return a_bottom <= b_top and b_bottom <= a_top


def union_one_one(interval_a, interval_b):
    """Return the union of two intervals"""
    (a_bottom, a_top), (b_bottom, b_top) = interval_a, interval_b
    return min(a_bottom, b_bottom), max(a_top, b_top)


def union_many_one(old_intervals, new_interval):
    """Return the union of a new interval with several old intervals."""
    result = []
    for old_interval in old_intervals:
        # If an old interval intersects with the new interval, merge the old interval into the new one.
        if intersect(old_interval, new_interval):
            new_interval = union_one_one(old_interval, new_interval)    
        # Otherwise, leave the old interval alone.
        else:
            result.append(old_interval)
    result.append(new_interval)
    return result


def union_all(intervals):
    """Return the union of a collection of intervals"""
    result = []
    for interval in intervals:
        result = union_many_one(result, interval)
    return result            


print(union_all(intervals))