用二元響應變量繪制系統發育邏輯回歸

Question

我使用了phylolm軟件包進行系統發育比較分析。 由於我的響應變量是二進制數據（一和零），因此我使用了系統發生邏輯回歸。

如何繪制phyloglm的輸出？ 我在這里找到了類似的問題，但我聽不懂答復。 您能否提供一些有關如何繪制結果的建議，如下所示？

Answer 1

使用來自?phyloglm的示例：

library(ape)
library(phylolm)
set.seed(123456)
tre = rtree(50)
x = rTrait(n=1,phy=tre)
X = cbind(rep(1,50),x)
y = rbinTrait(n=1,phy=tre, beta=c(-1,0.5), alpha=1 ,X=X)
dat = data.frame(trait01 = y, predictor = x)
fit = phyloglm(trait01~predictor,phy=tre,data=dat,boot=100)

繪制（抖動的）數據和響應（ plogis()是邏輯函數。預測值為logistic(a+b*x) ；我們使用帶有add=TRUE curve()畫線）

par(las=1,bty="l") ## cosmetic
plot(x,jitter(y,factor=0,amount=0.02),
     xlab="trait",ylab="response",xlim=c(-3.5,3.5))
cc <- coef(fit)
curve(plogis(cc[1]+cc[2]*x),col="red",add=TRUE)

該圖的OP版本為

哪一個（盡管我們看不到y軸刻度）與對數擬合完全一致，在預測值的中間范圍內大致呈線性關系（在曲線的上端有減速跡象）。