R中具有ggplot和melt函數的線圖：5類中的多條線

Question

我真的是R和RStudio（以及這個論壇）的新手。 我對我的問題進行了很多研究（也在該論壇中），但是我仍然很難獲得正確的代碼。 我已經很近了，但是開始變得非常沮喪。

情況：我必須做一個REE模式。 X軸是元素，Y值是元素的濃度。 每個樣本都顯示為從第一個元素到最后一個元素的一條線（x軸）。 所以這是多線圖。 我的數據框如下所示：

Element PA      PJ          PA          VA          VJ          PA          PA          PA          R
Cs  8.393644832 9.274061495 8.466114498 124.8302919 14.17884799 24.29026324 16.62652167 136.5543529 15.7077603
Rb  66.08861281 74.96446056 66.4222049  80.31878486 113.7845646 104.5795331 91.41634436 202.6518905 93.96286011
Ba  162.7360691 196.7689123 132.1882321 87.87655638 108.7807453 64.40911125 56.2519533  34.28604744 77.26184806
Th  69.50420273 10.69239264 60.48609257 10.7117353  61.83547442 79.0044607  97.33558025 92.98479452 58.67343532
U   22.17827063 16.22661665 21.03802793 7.427212489 60.72442183 63.23055432 70.64986596 51.39206236 42.45965964
Nb  7.575924774 5.89169239  6.667024084 5.004676505 16.69613523 16.67449315 13.346969   43.34980892 13.17651141
Ta  10.71199686 10.60149917 7.779458029 6.835789229 15.94188008 20.1485504  15.27092298 31.27845584 17.07176294
K   233.8150547 271.8452141 241.561939  266.9153787 251.42161   239.4491524 213.3914505 423.9658521 251.42161
La  85.781713   16.03251185 67.342503   20.17716423 28.44896832 56.02416655 86.39273611 27.73347387 43.5324784
Ce  65.93594156 11.79019617 47.55025458 17.54266241 25.52628696 49.26589625 57.6574228  12.21647606 34.22346809
Pb  5.673083989 10.26288212 4.169977919 59.04878053 53.42872487 62.81513974 48.16121863 93.96287593 101.9287591
Pr  53.02764512 9.938334989 42.03809952 14.99962348 17.24082014 37.33542354 53.81996734 25.90256871 28.40450355
Nd  42.33110774 8.364811267 33.97954887 13.48174221 13.93479643 29.74581887 43.06564505 26.65600445 23.33544314
Sr  0.835397313 0.815930916 0.586568694 9.996068224 0.960554876 0.536331654 0.258305773 5.683560546 0.942533523
Sm  21.35644343 5.451089335 16.96532562 9.760893837 9.675593776 20.01885453 24.97813208 27.39269895 16.0149219
Hf  44.23389487 52.43907046 42.33828695 4.98724425  30.28451128 49.09584912 60.28147686 9.971733073 24.74464941
Zr  53.96191223 65.62184274 53.86924455 5.318772828 26.1413139  53.09855665 65.71920565 9.34974258  26.87927243
Ti  1.436464088 1.215469613 1.270718232 10.66298343 0.497237569 0.662983425 0.662983425 5.524861878 0.607734807
Eu  10.35812973 4.071632021 8.46110334  8.611540363 2.338303868 8.328014705 9.786671125 16.16876122 7.070426445
Gd  14.83675531 4.409737144 11.44401365 7.645177015 8.221991883 15.42873831 18.54842542 27.21876767 12.99376358
Tb  9.092304297 3.898598538 6.982306648 6.673348685 8.230478353 14.87434634 15.41911057 32.14506684 12.56736368
Dy  6.38743838  3.392714189 4.532800141 5.210803147 7.695892687 12.39499316 12.92923541 31.99972441 11.63756207
Ho  4.466797664 3.082328768 3.346515335 4.589583127 7.111016931 11.57170602 10.63770512 32.956692   11.03232412
Y   3.35940512  2.382622411 2.505043001 5.01436475  6.489644503 8.926279165 8.788977547 37.04567217 10.68214568
Er  4.715669314 3.488584654 3.470548704 4.488104792 7.032818937 11.60405599 10.95403677 34.6355416  11.22917717
Tm  4.269381986 3.989071741 3.178992509 3.900228104 6.798645341 11.83388929 10.19664082 33.36983427 10.85995832
Yb  5.223135226 4.959299109 3.870356399 3.60128161  6.859780617 11.56204692 10.80225244 32.97149663 10.56174395
Lu  7.20048667  6.451947335 4.9601101   3.949574922 6.395672788 11.91831865 11.2065581  31.70363964 9.943874048

我想使x軸具有按此特定順序排列的元素，如數據框column1所示（與levels = unique選項相同）。 對於y值，我想要5種類別（PA，PJ，VA，VJ，R），每種類別都具有特定的顏色。 所有列都應繪制為線。 重要提示：每個樣本（列）應為一條線並作圖。 圖例應該簡單，僅顯示：color = category。 但這並不是必須的，我還可以通過圖形編輯程序最后手動完成圖例。 所以那不是主要問題。

到目前為止，我的結果是：

require(ggplot2)
require(reshape2) 
df <- read.csv2("ultra_REE_ref.csv", header = T, sep = ";", dec = ".")   
df <- melt(df ,  id.vars = 'Element', variable.name = "series")
df$Element <- factor(df$Element, levels=unique(df$Element)) 
ggplot(df,aes(Element,value, col=series)) + geom_point() +
       theme(legend.position="none") + scale_y_log10()

產生這張照片：

有誰知道如何

1.用線代替點嗎？ 我曾經有過線條，但是由於我操縱了x軸的字母順序，所以無法復制它。 當我將代碼更改為geom_line（）時，將完全沒有輸出。

2. 刪除y = 0底部的點？ 我已經從輸入文件中刪除了所有零（至少我認為我做得正確）。

3. 用不同的顏色定義每個類別？ 當我制作5個不同的輸入文件並為任何文件本身定義樣式時，我也會很高興。 就像將線繪制到現有圖上一樣。 這也將很酷。

4. 制作沒有任何線條/陰影的空背景。

如果有人可以幫助我做到這一點，我將非常高興。 到目前為止，非常感謝您閱讀:)問候！

Answer 1

您已經完成了重塑數據和創建因子級別的大部分工作。 對於生產線，問題在於您需要按樣品分組。 對於y = 0，數據框中必須有零值，否則它們將不會出現在圖中。 要刪除灰色背景，可以應用一個主題，例如theme_minimal 。 要完全刪除所有背景線，您需要修改panel.grid元素。

讓我們放在一起。 我更喜歡使用dplyr進行數據操作，當我根據您的數據創建數據框時， PA列被重命名，因為它們是唯一的。

library(dplyr)
library(ggplot2)

df %>% 
  mutate(Element = factor(Element, levels = unique(Element))) %>%
  gather(sample, value, -Element) %>% 
  ggplot(aes(Element, value)) + 
    geom_line(aes(color = sample, group = sample)) + 
    scale_y_log10() + 
    theme_minimal() + 
    theme(panel.grid = element_blank())

結果：

您可以使用例如 scale_color_manual或scale_color_brewer來調整顏色。