python如何計算從另一個輸入文件中提取的出現次數

Question

#!/usr/bin/python
import os
import re
path=os.getcwd()
list_dir=os.listdir(path+'//Osativa')
if not os.path.exists('results'):
    os.makedirs('results')
fo1=open('./results/annotation.txt','w')
f1=open(path+'//CLEAN FILE.csv').readlines()
f2=open(path+'//Osativa//Osativa_323_v7.0.annotation_info.txt').readlines()
for line in f1:
    locus_id=line.split(',')[1]
    if locus_id.startswith('LOC'):
            print locus_id

我的問題是如何計算使用上述腳本提取的locus_id的數量。

Answer 1

您可以對它們進行計數，也可以將它們存儲在容器中。

數數

num = 0
for line in f1:
    locus_id=line.split(',')[1]
    if locus_id.startswith('LOC'):
            num += 1
print(num)

容器

ids = []
for line in f1:
    locus_id=line.split(',')[1]
    if locus_id.startswith('LOC'):
            ids.append(locus_id)
print(len(ids))

Answer 2

您可以使用csv模塊！

讀取文件后，遍歷每一行，獲取第一項（ line[1] ），然后檢查是否存在“ LOC”。 他們將結果列表加總！

import csv
f1=open(path+'//CLEAN FILE.csv')
reader = csv.reader(f1)
print sum(1 for line in reader if 'LOC' in line[1])