如何在R中繪制帶有多個分類變量的平行坐標

Question

使用GGally軟件包中的ggparcoord繪制平行坐標圖時，我遇到了困難。 由於有兩個類別變量，因此我想在可視化中顯示的內容類似於下圖。 我發現在ggparcoord ， groupColumn只允許單個變量進行分組（顏色），並且可以確定地使用showPoints標記軸上的值，但是我還需要根據這些標記來改變形狀分類變量。 還有其他軟件包可以幫助我實現我的想法嗎？

任何回應將不勝感激！ 謝謝！

Answer 1

在ggplot2中滾動自己的平行坐標圖並不難，這將使您可以靈活地自定義外觀。 下面是使用內置diamonds數據框的示意圖。

要獲取平行坐標，您需要添加一個ID列，以便標識數據框的每一行，我們將其用作ggplot中的group外觀。 您還需要scale數字值，以便在繪制它們時它們都在相同的垂直比例上。 然后，您需要在x軸上獲取所有想要的列，並將它們整形為“長”格式。 我們可以使用tidyverse/dplyr管道運算符tidyverse/dplyr進行所有操作。

即使在限制類別組合的數量之后，這些線條也可能太纏結，以至於該圖難以解釋，因此，請僅將其視為“概念證明”。 希望您可以使用數據創建一些更有用的東西。 我在下面使用了colour （用於線條）和fill （用於點）美學。 您可以根據需要使用shape或linetype 。

library(tidyverse)
theme_set(theme_classic())

# Get 20 random rows from the diamonds data frame after limiting
#  to two levels each of cut and color
set.seed(2)
ds = diamonds %>% 
  filter(color %in% c("D","J"), cut %in% c("Good", "Premium")) %>%
  sample_n(20)

ggplot(ds %>% 
         mutate(ID = 1:n()) %>%             # Add ID for each row
         mutate_if(is.numeric, scale) %>%   # Scale numeric columns
         gather(key, value, c(1,5:10)),     # Reshape to "long" format
       aes(key, value, group=ID, colour=color, fill=cut)) +
  geom_line() +
  geom_point(size=2, shape=21, colour="grey50") +
  scale_fill_manual(values=c("black","white"))

我以前沒有使用過ggparcoords ，但是似乎很簡單的唯一選項（至少在我第一次嘗試使用該函數時）是將兩列數據粘貼在一起。 下面是一個例子。 即使只有四個類別組合，該圖也會造成混淆，但是如果您的數據中有很強的模式，它也許可以解釋：

library(GGally)

ds$group = with(ds, paste(cut, color, sep="-"))

ggparcoord(ds, columns=c(1, 5:10), groupColumn=11) +
  theme(panel.grid.major.x=element_line(colour="grey70"))