如何在R中绘制带有多个分类变量的平行坐标

Question

使用GGally软件包中的ggparcoord绘制平行坐标图时，我遇到了困难。 由于有两个类别变量，因此我想在可视化中显示的内容类似于下图。 我发现在ggparcoord ， groupColumn只允许单个变量进行分组（颜色），并且可以确定地使用showPoints标记轴上的值，但是我还需要根据这些标记来改变形状分类变量。 还有其他软件包可以帮助我实现我的想法吗？

任何回应将不胜感激！ 谢谢！

Answer 1

在ggplot2中滚动自己的平行坐标图并不难，这将使您可以灵活地自定义外观。 下面是使用内置diamonds数据框的示意图。

要获取平行坐标，您需要添加一个ID列，以便标识数据框的每一行，我们将其用作ggplot中的group外观。 您还需要scale数字值，以便在绘制它们时它们都在相同的垂直比例上。 然后，您需要在x轴上获取所有想要的列，并将它们整形为“长”格式。 我们可以使用tidyverse/dplyr管道运算符tidyverse/dplyr进行所有操作。

即使在限制类别组合的数量之后，这些线条也可能太缠结，以至于该图难以解释，因此，请仅将其视为“概念证明”。 希望您可以使用数据创建一些更有用的东西。 我在下面使用了colour （用于线条）和fill （用于点）美学。 您可以根据需要使用shape或linetype 。

library(tidyverse)
theme_set(theme_classic())

# Get 20 random rows from the diamonds data frame after limiting
#  to two levels each of cut and color
set.seed(2)
ds = diamonds %>% 
  filter(color %in% c("D","J"), cut %in% c("Good", "Premium")) %>%
  sample_n(20)

ggplot(ds %>% 
         mutate(ID = 1:n()) %>%             # Add ID for each row
         mutate_if(is.numeric, scale) %>%   # Scale numeric columns
         gather(key, value, c(1,5:10)),     # Reshape to "long" format
       aes(key, value, group=ID, colour=color, fill=cut)) +
  geom_line() +
  geom_point(size=2, shape=21, colour="grey50") +
  scale_fill_manual(values=c("black","white"))

我以前没有使用过ggparcoords ，但是似乎很简单的唯一选项（至少在我第一次尝试使用该函数时）是将两列数据粘贴在一起。 下面是一个例子。 即使只有四个类别组合，该图也会造成混淆，但是如果您的数据中有很强的模式，它也许可以解释：

library(GGally)

ds$group = with(ds, paste(cut, color, sep="-"))

ggparcoord(ds, columns=c(1, 5:10), groupColumn=11) +
  theme(panel.grid.major.x=element_line(colour="grey70"))