你可以通過R - Reticulate安裝Python包

Question

我將在R中使用Reticulate包創建一個python接口。 為了訪問R中的python函數，需要安裝相應的python包。

我想到了兩個問題：

1）如果使用網狀包裝，是否需要安裝Anaconda包裝？ 或者只安裝python包就足夠了嗎？

2）是否可以在R中安裝python包，類似於install.packages（“r_package”）？

有沒有人有這個主題的經驗？ 提前致謝！

Answer 1

1）R包reticulate可以使用默認的python或Anaconda2或Anaconda3 。 如果你想讓Anaconda與R合作，你必須先安裝Anaconda。 安裝完成后，調用library(reticulate) ，然后運行py_config()或reticulate::py_discover_config() ，它將為您提供Python安裝使用的路徑和環境列表。 然后，一旦你知道了Python路徑，你就可以在library(reticulate)之后添加像這樣的use_python("/opt/miniconda2/bin/python") ，並且你正在開展業務。

2）安裝Python包以便R（或網狀）可以看到它們，你必須從終端或控制台安裝它們作為常規的Python包; 不是R.例如： conda install numpy安裝numpy，或者conda install scipy install scipy安裝scipy，依此類推。

我只是在Docker容器rocker/rstudio做這rocker/rstudio 。 在標准操作系統中應該更容易。

這是一步一步的說明： rstudio網狀

干杯!

Answer 2

我會在上一個答案中添加一些細微差別。

就像@ f0nzie所說，Anaconda不是包，而是包經理 。 理想情況下，您將使用Anaconda創建一個環境來協助您的包管理和版本控制。 conda環境的文檔就在這里 。

現在，您可以將python包安裝到R中的anaconda包中。可以使用reticulate::conda_install(envname, packages) 。 可以在此處找到conda_install()的文檔。

Answer 3

如果您需要特定版本的Python模塊，請在模塊名稱后面放置== ，例如，以下將使用pip安裝3個模塊的特定版本：

reticulate::conda_install(c("PyMuPDF==1.14.20", "PyPDF2==1.26.0", "reportlab==3.5.23"),
                            envname = "myenv", pip = TRUE)