一個變量組合有兩個不同的p值？ corrplot :: corrplot

Question

我想校正我的數據（我使用的包，令人驚訝的是{corrplot}），並在其中顯示成對相關的p值。

現在，我在這里找到了一些有關如何精確執行操作的有用信息，乍一看，它運行得非常好。 但是后來我注意到，p值完全奇怪，它們與cor.test（）中的實際p值不對應。

我已經發現（使用示例性數據）不是由於我的數據，而是我嘗試包含p值的代碼出了點問題。

因此，這是一個可重現的示例：

#using built-in r-data:
data("mtcars")

#now for the corrplot:
M = cor(mtcars, use="complete.obs")
pval <- corr.test(M, adjust="none")$p
corrplot(M, method = "color", type = "upper", 
     order = "original", tl.col = "black", tl.srt = 45,
     family="serif", p.mat=pval, insig="p-value", sig.level=0)

這是我得到的：

（不允許我上傳文件，因此您必須單擊鏈接...）

無論如何，為了說明這些不是實際的p值，讓我們舉個對，即“ qsec”和“ drat”：

cor.test(mtcars$qsec, mtcars$drat, use="complete.obs")

而且，所得的p值（“ p值= 0.6196”）絕對不是您在corrplot中看到的值（“ 0.14”）。

這可能真是愚蠢，我確定（p <.0001）我正在忽略某些內容-但我不知道它是什么。 救命？

Answer 1

通過使用corr.test(M, adjust="none")您可以將矩陣M傳遞給函數。 矩陣M與您擁有的數據有所不同。 嘗試改用corr.test(mtcars, adjust="none") 。 您需要傳遞您的實際數據集，而不是相關矩陣。

如果檢查有data.frame(M)的樣子，你會看到你的drat變量有11個值，而這些都是的相關drat和變量的其余部分。 但是，你要drat是drat從柱mtcars有32個值。

您可以將相關矩陣M傳遞給corrplot函數，但不能corr.test給corr.test函數。