使用igraph從大型csv數據集創建鄰接網絡矩陣（或列表）

Question

我正在嘗試在igraph中進行網絡分析，但是由於列數不同，在將數據集轉換為邊緣列表（帶有權重）時會遇到一些問題。

數據集如下所示（當然要大得多）：首先是主操作員ID（主操作員也可以是伙伴，反之亦然，因此ID在鄰接處保持不變）挑戰是伙伴數量會變化（從0到40）。

IdMain IdPartner1  IdPartner2  IdPartner3 IdPartner4 .....
1      4           3           2          NA
2      3           1          NA          NA
3      1           4           7          6
4      9           6           3          NA
.
.

我的問題是如何將其轉換為無權重的邊緣列表（僅表示交互）：

Id1 Id2 weight
1   2    2
1   3    2
1   4    1
2   3    1    
3   4    2
.   .

有沒有人給小費最好的方法是什么？ 提前謝謝了！

Answer 1

這是經典的重塑任務。 您可以為此使用reshape2包。

text <- "IdMain IdPartner1  IdPartner2  IdPartner3 IdPartner4
1      4           3           2          NA
2      3           NA          NA         NA
3      1           4           7          6
4      9           NA          NA         NA"

data <- read.delim(text = text, sep = "")

library(reshape2)
data_melt <- reshape2::melt(data, id.vars = "IdMain")
edgelist <- data_melt[!is.na(data_melt$value), c("IdMain", "value")]

head(edgelist, 4)
#   IdMain value
# 1      1     4
# 2      2     3
# 3      3     1
# 4      4     9