如何在R中的Optisel包中使用Synbreed包中的模擬對象

Question

我對R非常陌生，目前正在進行簡單的仿真。 我正在創建一個譜系結構（數據框）並對其進行編輯，以便進行一些簡單的計算。 我正在使用2個不同的軟件包：

1. Synbreed ，可模擬譜系數據幀
2. Optisel ，允許使用譜系結構進行計算

我遇到的問題如下：一旦我用synbreed的血統書創建了數據框，就加載了optiSel。 在我執行此操作並嘗試更改或計算數據框后，數據框內的所有值都將消失/變為NA ...

我想使用這些函數進行for循環，因此我需要確保它們兼容。 足夠奇怪的是，當我保存數據框，關閉R並再次導入模擬的數據框時，腳本可以正常工作。

這里有簡單的腳本：

啟動腳本

library(synbreed)

ped.test<-simul.pedigree(generations=10,ids=10,animals=T) ＃創建血統書數據幀

數據框需要一些小的編輯：

ped.test$Par1[ped.test$Par1==0]<-NA
ped.test$Par2[ped.test$Par2==0]<-NA
ped.test$sex[ped.test$sex==1]<-2
ped.test$sex[ped.test$sex==0]<-1

數據框是一個譜系結構：

class(ped.test)

library(optiSel) ＃加載optiSel軟件包，一切順利

colnames(ped.test)<-c("Indiv", "Sire", "Dam", "Born", "Sex")

現在，在上面我只想更改為列名，甚至沒有使用optiSel包中的函數，但data.frame值將消失。

ped.test

結束腳本

從optiSel軟件包中，我需要以下功能才能工作：

pedig<-prePed(ped.test)

這需要上面顯示的更改才能接受血統結構，但是由於新創建的血統結構為空，因此它不起作用。

Answer 1

我試圖重現您與軟件包synbreed （v.0.12.6）和軟件包optiSel （v.0.9.1）一起提供的代碼。

關鍵是， synbreed包中的函數simul.pedigree返回了"pedigree"和"data.frame"類的對象，而optiSel包中的prePed函數需要了data.frame類的對象（請嘗試?prePed ）。

所以，你可以重新分配類的ped.test 只是一個data.frame ：

library(synbreed)

packageVersion("synbreed")

ped.test<-synbreed::simul.pedigree(generations=10,ids=10,animals=T)

ped.test

ped.test$Par1[ped.test$Par1==0]<-NA
ped.test$Par2[ped.test$Par2==0]<-NA
ped.test$sex[ped.test$sex==1]<-2
ped.test$sex[ped.test$sex==0]<-1

class(ped.test)

class(ped.test) <- "data.frame" # this is the missing step!

library(optiSel)

colnames(ped.test)<-c("Indiv", "Sire", "Dam", "Born", "Sex")

pedig<-prePed(ped.test)