如何在R中的Optisel包中使用Synbreed包中的模拟对象

Question

我对R非常陌生，目前正在进行简单的仿真。 我正在创建一个谱系结构（数据框）并对其进行编辑，以便进行一些简单的计算。 我正在使用2个不同的软件包：

1. Synbreed ，可模拟谱系数据帧
2. Optisel ，允许使用谱系结构进行计算

我遇到的问题如下：一旦我用synbreed的血统书创建了数据框，就加载了optiSel。 在我执行此操作并尝试更改或计算数据框后，数据框内的所有值都将消失/变为NA ...

我想使用这些函数进行for循环，因此我需要确保它们兼容。 足够奇怪的是，当我保存数据框，关闭R并再次导入模拟的数据框时，脚本可以正常工作。

这里有简单的脚本：

启动脚本

library(synbreed)

ped.test<-simul.pedigree(generations=10,ids=10,animals=T) ＃创建血统书数据帧

数据框需要一些小的编辑：

ped.test$Par1[ped.test$Par1==0]<-NA
ped.test$Par2[ped.test$Par2==0]<-NA
ped.test$sex[ped.test$sex==1]<-2
ped.test$sex[ped.test$sex==0]<-1

数据框是一个谱系结构：

class(ped.test)

library(optiSel) ＃加载optiSel软件包，一切顺利

colnames(ped.test)<-c("Indiv", "Sire", "Dam", "Born", "Sex")

现在，在上面我只想更改为列名，甚至没有使用optiSel包中的函数，但data.frame值将消失。

ped.test

结束脚本

从optiSel软件包中，我需要以下功能才能工作：

pedig<-prePed(ped.test)

这需要上面显示的更改才能接受血统结构，但是由于新创建的血统结构为空，因此它不起作用。

Answer 1

我试图重现您与软件包synbreed （v.0.12.6）和软件包optiSel （v.0.9.1）一起提供的代码。

关键是， synbreed包中的函数simul.pedigree返回了"pedigree"和"data.frame"类的对象，而optiSel包中的prePed函数需要了data.frame类的对象（请尝试?prePed ）。

所以，你可以重新分配类的ped.test 只是一个data.frame ：

library(synbreed)

packageVersion("synbreed")

ped.test<-synbreed::simul.pedigree(generations=10,ids=10,animals=T)

ped.test

ped.test$Par1[ped.test$Par1==0]<-NA
ped.test$Par2[ped.test$Par2==0]<-NA
ped.test$sex[ped.test$sex==1]<-2
ped.test$sex[ped.test$sex==0]<-1

class(ped.test)

class(ped.test) <- "data.frame" # this is the missing step!

library(optiSel)

colnames(ped.test)<-c("Indiv", "Sire", "Dam", "Born", "Sex")

pedig<-prePed(ped.test)