R：基本功能无法使用Caper包中的对象

Question

我正在使用caper包进行系统发育分析，其中的回归函数（使用系统发育独立的对比）非常crunch 。 crunch功能使用在caper包内部的名为caic的对象。

该模型通过以下方式启动：

crunchMod <- crunch(y ~ f(x), data = comparison)

当我运行summary(crunchMod)时，会得到与lm()函数生成的摘要相同的格式。

但是，尝试通过输入rstandard(crunchMod)开始检查模型假设时，出现以下错误：

Error in UseMethod("rstandard") : 
no applicable method for 'rstandard' applied to an object of class "caic"

通过阅读第19-20页的http://cran.r-project.org/web/packages/caper/vignettes/caper.pdf ，我发现plot(crunchMod)使用包装器可以检查回归假设。 但是，这些是图形检查：

residuals vs Fitted values
standardized residuals vs theoretical quantities [QQ plot]
sqrt(standardized residuals) vs fitted values [Scale-location]
standardized residuals vs leverage).

有谁知道如何使用我自己的包装器访问标准化残差，或者允许我访问p值而不是图形图像？

Answer 1

这是非常简单的，但只有在使用crunch().中的第二条if()语句绕了一圈之后才进行crunch(). 查看caic的摘要方法，它只是整个摘要/模型的一部分

> summary.caic
function (object, ...) 
{
    summary(object$mod, ...)
}
<environment: namespace:caper>

您可以看到整个模型的名称，其中显示了其余的有用统计信息。

names(summary(crunchMod))
# [1] "call"          "terms"         "residuals"     "coefficients" 
# [5] "aliased"       "sigma"         "df"            "r.squared"    
# [9] "adj.r.squared" "fstatistic"    "cov.unscaled" 

请注意，只有mod部分是从lm()继承的，您可以使用以下命令检查出crunchMod对象的所有继承

> sapply(crunchMod, is)
$contrast.data
[1] "list"   "vector"

$mod
[1] "lm"       "oldClass"

$data
[1] "comparative.data"