如何在R中的DTWCLUST庫中計算質心

Question

我在r中使用DTWCLUST包。 這是我的代碼。

library(dtwclust)
sc1 <- read.table("D:/handling data/confirm4.csv", header=T, sep="," )
hc_sbd <- dtwclust(sc1, type = 'h', k=5L, method = 'ward.D', preproc = zscore,
                distance = 'dtw', control = list(trace=TRUE) )
clusters <- cutree(hc_sbd,6)
head(clusters)
result <- cbind.data.frame(sc1,clusters)
plot(hc_sbd, type='centroids', clus=1) + ylim(-3, 3) + scale_x_continuous( breaks = c(1,6,12,18,24,30,36,42), labels= real_label )

當我運行plot(hc_sbd, type='centroids', clus=1) + ylim(-3, 3) + scale_x_continuous( breaks = c(1,6,12,18,24,30,36,42), labels= real_label ) ，繪制了原型。 但是我不知道PAM是如何計算質心的，這是默認選項。 誰能幫助我了解PAM對質心重心的概念？ 預先感謝您。

Answer 1

在包中包含的實現中，從數據中隨機選擇k個序列作為初始質心。 然后計算所有序列和質心之間的距離（如果預先計算，則從整個距離矩陣中檢索），並將每個序列分配給其最近質心的群集。 對於每個創建的群集，將計算所有成員系列之間的距離（如有必要），並且選擇距離總和最小的系列作為新質心。 這將反復進行，直到沒有序列更改群集或已超過允許的最大迭代次數為止。

這是代碼 。

（如果使用的是dtwclust 4.0.0或更高版本，則應使用tsclust函數）