對數數據的 R 色標？

Question

我正在尋找一個對數（基數為 10）色標來為 R 中的 SOM U 矩陣圖着色。具體來說，尋找一個 colorRampPallette，在原始顏色編碼時，它在分布的低端比高的具有更多的 bin單位。

我在這里找到了一個可能的線索https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2006-July/110187.html但這個解決方案似乎過於復雜。

我不確定從哪里開始，但懷疑有人已經解決了這個對數調色板問題？

Answer 1

在ggplot可以使用scale_color_gradientn 。 這是一個帶有cars數據的示例。

ggplot(cars)+
  geom_point(aes(x = speed, y =dist, color = dist))+
  scale_color_gradientn(colors = colorRampPalette(colors = c("blue", "white"))(nrow(cars)), 
                        values = scales::rescale(log(sort(cars$dist))))

總而言之，可以使用colorRampPalette函數定義任意數量顏色的線性漸變，並且在scale_color_gradientn您可以將任何顏色映射到某個值 - 顏色的分布可以是線性的、對數的或任意的。 由於values參數接受 0 - 1 范圍，因此在對數轉換后的值上使用了scales::rescale 。

比較，這里沒有轉換

ggplot(cars)+
  geom_point(aes(x = speed, y =dist, color = dist))+
  scale_color_gradientn(colors = colorRampPalette(colors = c("blue", "white"))(nrow(cars)), values  = scales::rescale(sort(cars$dist)))