在 R 中繪制簡單的中介圖

Question

是否有一種（最好是簡單直接的）方法來繪制具有 R 中中介系數的簡單路徑圖？

我一直在尋找DiagrammeR包，但這看起來有點矯枉過正（老實說，我沒有弄清楚如何制作情節）。

我知道的其他選項是Dia或Inkscape，但那些需要手動定位、連接路徑等。

mediation包有一個plot選項，但它會繪制自舉 CI，我想要實現的是一個簡單的路徑，其系數如下：

Answer 1

雖然@baptiste解決方案也可能有效，但我一直在尋找一種可發布的格式。

library(diagram)中的函數plotmat是讓我最接近我的示例的函數：

對於可重現的示例，請使用：

library(diagram)
data <- c(0, "'.47*'", 0,
          0, 0, 0, 
          "'.36*'", "'.33* (.16)'", 0)
M<- matrix (nrow=3, ncol=3, byrow = TRUE, data=data)
plot<- plotmat (M, pos=c(1,2), 
                name= c( "Math self-efficacy","Math ability", "Interest in the math major"), 
                box.type = "rect", box.size = 0.12, box.prop=0.5,  curve=0)

Answer 2

您可以使用“心理”包來測試您的節制/調解，它也會為您提供一個情節。

mediate(Output ~ Independent1 + (Mediator), data =mydata)

Answer 3

我對 ggraph 一無所知，但這可能是一條可能的路線。 以下是 5 分鍾的谷歌搜索使我得到的結果：

library(ggraph)
require(igraph)

test <- data.frame(from = c(1,2,3), to=c(2,3,1), coef = letters[1:3])
simple <- graph_from_data_frame(test)
V(simple)$name <- LETTERS[1:3]

ggraph(simple, layout = 'auto') + 
  geom_edge_link(aes(label = coef), 
                 angle_calc = 'along',
                 label_dodge = unit(2.5, 'mm'),
                 arrow = arrow(length = unit(4, 'mm')), 
                 end_cap = circle(3, 'mm')) + 
  geom_node_label(aes(label = name),size = 5) +
  theme_graph()

我不知道如何強制執行幾何圖形（如果可能），但好消息是布局可以自動泛化。

Answer 4

這是使用DiagrammeR構建的中介圖的兩個版本和使用 TikZ 構建的第三個版本。 每個人都有優點和缺點：

• DiagrammeR + Graphviz：

  • 優點：易於使用提供的功能創建圖表，有很多選項可以調整節點的設計。
  • 缺點：調整邊緣文本的選項很少，輸出是一個 htmlwidget 對象，可以打印為 pdf，但在特定情況下可能需要轉換，例如在 for 循環內。

• 抖音

  • 優點：高度可定制，包括邊緣文本； 使用提供的功能輕松生成圖表
  • 缺點：如果你需要 HTML 輸出，它是為 LaTeX 設計的； 語法可能令人困惑

• DiagrammeR 本機語法（僅提供完整性）

  • 優點：代碼非常易於閱讀，適合R用戶編輯
  • 缺點：調整邊緣文本的明顯方法更少

我已經使用函數med_diagram對第一個和第二個示例進行了編碼，該函數使用glue包來組裝相關的 graphviz 或 TikZ 代碼。 該函數需要一個 data.frame，它需要一行，其中包含相關標簽和系數的列。 對於 DiagrammeR 特定的函數，還有一些參數可以調整設計的各種元素。

繪圖員 + Graphviz

med_data <-
  data.frame(
    lab_x   = "Math\\nAbility",
    lab_m   = "Math\\nself-efficacy",
    lab_y   = "Interest in the\\nmath major",
    coef_xm = ".47*",
    coef_my = ".36*",
    coef_xy = "0.33* (.16)"
  )


med_diagram <- function(data, height = .75, width = 2, graph_label = NA, node_text_size = 12, edge_text_size = 12, color = "black", ranksep = .2, minlen = 3){
  
  require(glue)
  require(DiagrammeR)
  
  data$height  <- height   # node height
  data$width   <- width    # node width
  data$color   <- color    # node + edge border color
  data$ranksep <- ranksep  # separation btwn mediator row and x->y row
  data$minlen  <- minlen   # minimum edge length
  
  data$node_text_size  <- node_text_size
  data$edge_text_size  <- edge_text_size
  
  data$graph_label <- ifelse(is.na(graph_label), "", paste0("label = '", graph_label, "'"))

diagram_out <- glue::glue_data(data,
  "digraph flowchart {
      fontname = Helvetica
      <<graph_label>>
      graph [ranksep = <<ranksep>>]

      # node definitions with substituted label text
      node [fontname = Helvetica, shape = rectangle, fixedsize = TRUE, width = <<width>>, height = <<height>>, fontsize = <<node_text_size>>, color = <<color>>]        
        mm [label = '<<lab_m>>']
        xx [label = '<<lab_x>>']
        yy [label = '<<lab_y>>']

      # edge definitions with the node IDs
      edge [minlen = <<minlen>>, fontname = Helvetica, fontsize = <<edge_text_size>>, color = <<color>>]
        mm -> yy [label = '<<coef_my>>'];
        xx -> mm [label = '<<coef_xm>>'];
        xx -> yy [label = '<<coef_xy>>'];
      
      { rank = same; mm }
      { rank = same; xx; yy }
      
      }

      ", .open = "<<", .close = ">>")  


DiagrammeR::grViz(diagram_out)  
}

med_diagram(med_data)

抖音

TikZ 和 PGF 需要在序言中作為 LaTeX 包加載。 下面的示例代碼包括這些包和一些附加命令，例如，為圖中使用的“mynode”設置全局規范。 我收到了一個警告，在我的序言中包含\\pgfplotsset{compat=1.17} ，但這對其他人來說可能沒有必要。 請注意，此代碼基於此處提供的示例： https : //tex.stackexchange.com/a/225940/34597

---
title: "Sample Rmd"
author: "Your name here"
output: pdf_document
header-includes:
  - \usepackage{tikz}
  - \usepackage{pgfplots}
  - \pgfplotsset{compat=1.17}
  - \tikzset{mynode/.style={draw,text width=1in,align=center} }
  - \usetikzlibrary{positioning}
---

```{r, load_packages, include = FALSE}
library(glue)
```
  
```{r, load_function}
med_diagram_tikz <- function(data) {
  glue::glue_data(med_data, 
"
\\begin{figure}
\\begin{center}
\\begin{tikzpicture}[font=\\sffamily]
    \\node[mynode] (m){<<lab_m>>};
    \\node[mynode,below left=of m](x) {<<lab_x>>};
    \\node[mynode,below right=of m](y) {<<lab_y>>};
    \\draw[-latex] (x.north) -- node[auto] {<<coef_xm>>} (m.west);
    \\draw[-latex] (m.east) -- node[auto] {<<coef_my>>} (y.north);
    \\draw[-latex] (x.east) --
            node[below=2mm, align=center] {<<coef_xy>>} (y.west);
\\end{tikzpicture}
\\end{center}
\\end{figure}
", 
.open = "<<", .close = ">>"
)
}
```
  
  
```{r create_diagram, echo = FALSE, results = 'asis'}
med_data <-
  data.frame(
    lab_x   = "Math\\\\Ability",
    lab_m   = "Math\\\\self-efficacy",
    lab_y   = "Interest in the\\\\math major",
    coef_xm = ".47*",
    coef_my = ".36*",
    coef_xy = "0.33* (.16)"
  )

tikz_diagram_out <- med_diagram_tikz(med_data)

# requires chunk header to be set to results = 'asis'
cat("\n", tikz_diagram_out, "\n")

```

繪圖器本機語法

中介圖的第三個版本使用R用戶更容易理解的語法，但我不喜歡邊緣標簽文本的奇怪放置方式（因此是上面的兩個替代版本）。

library(DiagrammeR)

# Create a node data frame (ndf)
ndf <- create_node_df(
  n         = 3,
  label     = c( "Math\nself-efficacy","Math\nability", "Interest in\nthe math major"),
  shape     = rep("rectangle", 3),
  style     = "empty",
  fontsize  = 6,
  fixedsize = TRUE,
  height    = .5,
  width     = .75,
  color     = "gray80",
  x         = c(1, 2, 3),
  y         = c(1, 2, 1)
)

# Create an edge data frame (edf)
edf <- create_edge_df(
  from     = c(1, 1, 2),
  to       = c(2, 3, 3),
  label    = c(".47*", ".33* (.16)", ".36*"),
  fontsize = 6,
  minlen   = 1,
  color    = "gray80",
  )

# Create a graph with the ndf and edf
graph <- create_graph(
  nodes_df = ndf,
  edges_df = edf
  )

graph %>%
  render_graph()