獲取R中的隱馬爾可夫模型（MHMM）混合物在每個群集中的觀測值（包seqHMM）

Question

我正在使用隱馬爾可夫模型（MHMM）混合物對數據進行聚類。 為此，我在R中使用了程序包“ seqHMM ”。我的問題是，是否有可能獲得每個聚類中的實際觀測值。

例如，經過分析，我有3個聚類，我想在每個聚類中找到確切的觀測值，這可能嗎？

例：

首先，我創建了三個HMM，分別具有初始概率sc_init1 ， sc_init2 ， sc_init3和sc_trans1 ， sc_trans2 ， sc_trans3 ，最后具有發射概率sc_emiss1 ， sc_emiss2和sc_emiss3 。 然后，將它們與以下三個群集組合為MHMM：

mhmm_init <- list(sc_init1, sc_init2, sc_init3)

mhmm_trans <- list(sc_trans1, sc_trans2, sc_trans3)

mhmm_emiss <- list(sc_emiss1,sc_emiss2, sc_emiss3)

mhmm<- build_mhmm(observations=seq, transition_probs=mhmm_trans, emission_probs=mhmm_emission, initial_probs=mhmm_initial, cluster_names = c("Cluster 1", "Cluster 2", "Cluster 3”))

我的數據seq是縱向數據。 現在已經構建了模型，我使用fit_model函數估計模型參數如下

set.seed(1011) #1011

mhmm_fit <- fit_model(mhmm, local_step = TRUE, threads = 1,
                      control_em = list(restart = list(times =10)))

mhmm_final <- mhmm_fit$model

通過使用mhmm_final ，我可以獲得有關我的三個群集的每一個的一些信息，例如過渡概率，初始概率和發射概率。 例如，如果我想獲得群集1的這些估計，則可以使用以下代碼輕松獲得它們：

mhmm_final$transition_probs$`Cluster 1`

mhmm_final$emission_probs$`Cluster 1`

mhmm_final$initial_probs$`Cluster 1`

我的問題是，如何獲得每個群集的觀測值。 有一個用於觀察的代碼為mhmm_final$observations但是這一行代碼為我提供了所有三個群集中的所有觀察結果。 我想找到每個群集中的確切觀測值，在本例中為群集1。

假設我有10個序列（seq 1，seq 2，seq 3，seq 4，seq 5，seq 6，seq 7，seq 8，seq 9，seq 10），並且我用這種方法將它們分為三個組。 我想知道每個序列都屬於哪個簇。

Answer 1

您可以從摘要中獲得最可能的集群：

summary(mhmm_final)$most_probable_cluster