如何使用MDAnalysis從Amber加載.prmtop和.crd文件？

Question

我正在嘗試從Amber加載.crd文件，但這失敗了，因為它的格式不是MDAnalysis期望的格式（請參見最后的錯誤）：

topology = 'top.prmtop'
trajectory = 'amberOut.crd'
u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)

如果可以使用MDAnalysis讀取Amber .crd文件，則我不想使用此線程以及該庫 。

任何想法為什么不起作用？ 如果我將軌跡加載到VMD中，則使用此命令（它可以工作）：

vmd -parm7 top.prmtop -crdbox amberOut.crd

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Traceback (most recent call last):
  File "analysis.py", line 5, in <module>
    u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 305, in __init__
    self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 535, in load_new
    self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/base.py", line 1943, in __init__
    self._read_first_frame()
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/CRD.py", line 73, in _read_first_frame
    natoms = int(fields[0])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '96.380'

Answer 1

在命令中為Universe使用format="TRJ"關鍵字參數：

u = MDAnalysis.Universe("top.prmtop", "amberOut.crd", format="TRJ")

您說過將VMD與“ crdbox”一起使用，並且MDAnalysis將“ crdbox”擴展名識別為Amber ASCII軌跡 。 但是，用於文件的“ crd”擴展名已經用於CHARMM坐標文件（“ CRD”文件），因此您需要顯式指定Universe的軌跡格式。

（如果為軌跡提供擴展名“ crdbox”或“ trj”，例如“ amberOut.crdbox”或“ amberOut.trj”，則MDAnalysis將自動將其識別為琥珀色ASCII軌跡。但是，您始終可以使用顯式format關鍵字參數。）

更新：基於此問題，我們更新了Amber軌跡閱讀器的MDAnalysis文檔，其中包括有關如何讀取Amber“ crd”軌跡的注釋 。