根據不同的比例為圖着色

Question

我想將不同的數據集繪制為igraph對象。 它們可以如下所示：

library(igraph)
m<-matrix(data = c("a1_ghj",    "a1_phj",
                   "b2_ghj",    "c1_pht",
                   "c1_ght",    "a1_ghi",
                   "g5_pht",    "d2_phj",
                   "r5_phj",    "u6_pht"), ncol = 2)
))

g<-graph_from_edgelist(m)
g

它們節點的顏色應按不同比例指定，例如，它們如下：

aa  qwr asd rty fgh vbn iop ert
ghj 1.8 -0.5    0.2 0.62    0.74    0.3 1.6
ght 2.5 -1  4.1 0.29    0.91    0.9 2
pht -3.5    3   -3.1    -0.9    0.62    -0.6    -9.2
phj -3.5    3   -1.8    -0.74   0.62    -0.7    -8.2
ghi 2.8 -2.5    4.4 1.19    0.88    0.5 3.7

在節點名稱中，在_之后，顯示該節點所屬的組的名稱。 在比例表中，列顯示比例的類型，行顯示組的名稱。 為了繪制這些圖，我需要一個函數來標准化這些介於-1和1之間的比例，然后根據表中所選比例類型的值為節點指定顏色。 有人在這個問題上幫助我嗎？

Answer 1

首先，如前面的問題中所述，您可以在頂點名稱上使用sub來獲取后綴。

Suffixes = factor(sub(".*_", "", names(V(g))))

因此，問題就變成了如何使用不同的比例來選擇節點的顏色。 您要求將-1縮放為1，但實際上我已經將0縮放為1，因為那是colorRamp產生的函數所期望的參數類型。

您的縮放數據

RawScales = read.table(text="aa  qwr asd rty fgh vbn iop ert
ghj 1.8  -0.5    0.2   0.62    0.74    0.3     1.6
ght 2.5    -1    4.1   0.29    0.91    0.9       2
pht -3.5    3   -3.1   -0.9    0.62    -0.6   -9.2
phj -3.5    3   -1.8   -0.74   0.62    -0.7   -8.2
ghi 2.8  -2.5    4.4    1.19    0.88    0.5    3.7",
header=TRUE)

我將同時使用qwr和rty量表作為示例。

在0到1之間縮放。

qwr_Scaled = (RawScales$qwr - min(RawScales$qwr)) / 
    (max(RawScales$qwr) - min(RawScales$qwr)) 

rty_Scaled = (RawScales$rty - min(RawScales$rty)) / 
    (max(RawScales$rty) - min(RawScales$rty)) 

設置創建色標的功能。 注意：橙色是最小值，紅色是最大值。

Color = colorRamp(c("orange", "yellow", "white",  "pink", "red"))

使用該函數為節點創建顏色矢量。

ColVals_qwr = rgb(Color(qwr_Scaled), maxColorValue=255)
names(ColVals_qwr) = RawScales$aa

ColVals_rty = rgb(Color(rty_Scaled), maxColorValue=255)
names(ColVals_rty) = RawScales$aa

現在使用色標進行繪制。 我添加了節點的顯式布局，以便兩個圖可比較。

par(mfrow=c(1,2), mar=c(5, 1,3,1))
LO = layout_with_fr(g)
plot(g, vertex.color=ColVals_qwr[Suffixes], frame=TRUE)
plot(g, vertex.color=ColVals_rty[Suffixes], frame=TRUE)