熱圖返回錯誤：“ x”必須是數字矩陣，但x是數字矩陣

Question

我正在嘗試創建六個站點上物種豐富度的熱圖。 我有一個站點與物種，數字豐度數據的矩陣。

但是，當我運行代碼時，R返回一個錯誤，表明我的矩陣是非數字的。 誰能解決這個問題？ 我感到難過。

導出的數據框鏈接： log_mean_wide

工作方式：

lrc <- rainbow(nrow(log_mean_wide), start = 0, end = .3)
lcc <- rainbow(ncol(log_mean_wide), start = 0, end = .3)


logmap <- heatmap(log_mean_wide, col = cm.colors(256), scale = "column", 
               RowSideColors = lrc, ColSideColors = lcc, margins = c(5, 10),
               xlab = "species", ylab = "Site", 
               main = "heatmap(<Auckland Council MCI data 1999, habitat:bank>, ..., scale = \"column\")")

錯誤消息：熱圖錯誤（log_mean_wide，Rowv = NA，Colv = NA，col = cm.colors（256），：'x'必須是數字矩陣

log_heatmap <- heatmap(log_mean_wide, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(256), scale="column", margins=c(5,10)) #same error

is.numeric(log_mean_wide) #[1] FALSE
is.character(log_mean_wide) #[1] FALSE
is.factor(log_mean_wide) #[1] FALSE
is.logical(log_mean_wide) #[1] FALSE
is.integer(log_mean_wide) #[1] FALSE

？！？！

dims <- dim(log_mean_wide)
log_mean_matrix <- as.numeric(log_mean_wide) 
dim(log_mean_matrix) <- dims

錯誤：（列表）對象無法強制輸入“ double”類型

str（log_mean_wide）將物種顯示為數字，將站點顯示為字符-為什么這不起作用？

storage.mode(log_mean_wide) <- "numeric" 

storage.mode（log_mean_wide）<-“ numeric”：（list）對象中的錯誤無法強制輸入'double'類型

Answer 1

有兩個問題：

1. 第一列log_mean_wide$Site是非數字的。
2. heatmap僅接受matrix作為輸入數據（不接受data.frame ）。

要解決這些問題，您可以執行以下操作（請注意，熱圖中有很多混亂情況）：

# Store Site information as rownames
df <- log_mean_wide;
rownames(df) <- log_mean_wide[, 1];

# Remove non-numeric column
df <- df[, -1];

# Use as.matrix to convert data.frame to matrix
logmap <- heatmap(
    as.matrix(df),
    col = cm.colors(256),
    scale = "column",
    margins = c(5, 10),
    xlab = "species", ylab = "Site",
    main = "heatmap(<Auckland Council MCI data 1999, habitat:bank>, ..., scale = \"column\")")