limma中的錯誤-lmFit-chol2inv：“ x”必須是平方數字矩陣

Question

我找不到答案，所以我發布解決方案，以防其他人遇到相同的問題。

使用Bioconductor的limma軟件包，我遇到以下錯誤：

> fit <- try(lmFit(matrix, design))
Error in chol2inv(fit$qr$qr, size = fit$qr$rank) : 
  'x' must be a square numeric matrix

這不是一個非常有用的錯誤消息，但是問題很簡單。 您的“矩陣”的行名不能重復。 用這個檢查

any(duplicated(rownames(matrix)))

並根據需要重命名行。

Answer 1

您的“矩陣”的行名不能重復。 用這個檢查

any(duplicated(rownames(matrix)))

並根據需要重命名行。

Answer 2

limma包lmFit()函數的確對基本chol2inv函數進行了多次調用。

在我的Windows R3.2.5環境中更新了一些軟件包之后，將矩陣對象傳遞給lmFit()函數時，在我這一邊發生了類似的錯誤。 安裝R版本3.3.1（同樣在Windows OS下）確實解決了問題：將矩陣對象傳遞給lmFit() （Limma 3.26.9）確實返回了MArrayLM對象，而沒有chol2inv函數的“抱怨”。

升級到R 3.3.1“頭發lmFit() ”可能希望解決其他lmFit()問題。