生存函數-R中的插值

Question

我構造了一個生存函數，例如：

  [![plot(survfit(Surv(inf.time,infection)~1),xlab="Time (days)",ylab="Survival Probability",
                        main="Time Until Staphylococcus Infection",
                        conf.int = F)][1]][1]

現在，我想確定40％的患者何時感染？ 如何用R編寫？ 作為給出結果數值的命令，或者直接繪制到生存函數圖中。

我知道生存函數描述了沒有感染的可能性，因此我可以從圖中讀取到0.6的生存概率對應於ca。 45天？ 如何將其繪制到圖中？

我嘗試過（沒有運氣）：

inf.time[which(survfit(Surv(inf.time,infection)~1) == 0.6)]

Answer 1

我想，您正在使用survival包，對嗎？ 因此，您可以從"survfit"對象或從"summary.survfit輕松獲取生存曲線所有點的數據框，因為它是"survfit" list類型。然后您可以按生存概率過濾df。例如：

library(survival)

s <- Surv(lung$time, lung$status)

sfit <- survfit(s~1)  #get usual "survfit" object

summary_sfit = summary(sfit)

surv_df = data.frame(summary_sfit[2:6])  #somehow coerce it to data.frame

head(surv_df)

##    time n.risk n.event n.censor      surv
##  1    5    228       1        0 0.9956140
##  2   11    227       3        0 0.9824561


surv_df[max(which(surv_df$surv > 0.60)), ] 
##     time n.risk n.event n.censor      surv
##  68  245    117       1        2 0.6018576

或者，您可以只將survfit$time子集survfit$time而無需創建數據框

sfit$time[max(which(sfit$surv > 0.6))]

## [1] 245