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[英]R: How does the stats package handle character vectors when applying a logit model through glm?
[英]How to identify cutoff in a logit GLM
為物流GLM生成一些數據:
set.seed(123)
x1 = rnorm(2000)
z = 1 + 3*x1 + 3*exp(x1)
pr = 1/(1+exp(-z))
y = rbinom(2000,1,pr)
df = data.frame(y=y,x1=x1)
運行模型:
mod <- glm(y ~ x1,data=df,family=binomial(link=logit))
Logit圖:
library(visreg)
library(ggplot2)
visreg(mod, 'x1', scale='response', rug=2, gg=TRUE)+
theme_bw(18)
我需要計算x1的截止值,它定義了y = 1的50%概率。 我想我需要predict
函數:
pred <- predict(mod, type = "response")
編輯
如下所示,我找到了截止值; 但是,我想進行ROC分析以驗證其特異性和敏感性。 運行此代碼是否足夠?
prob=predict(mod,type=c("response"))
df$prob=prob
library(pROC)
g <- roc(y ~ prob, data = df)
plot(g)
g
你可以使用MASS
dose.p
試用:
library(MASS)
dose.p(mod, p = 0.5)
# Dose SE
#p = 0.5: -0.8457261 0.02039277
使用predict
, x1[as.numeric(names(pred[round(pred, 2) == 0.5]))]
提供x1
中與截止點(最近的百分之一)的點
[1] -0.8497043 -0.8490611 -0.8445834 -0.8468964 -0.8491746
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