使用rpy2將R軟件包安裝/導入到python中，導入/忽略有問題的數據包

Question

這是我正在嘗試做的事情：

1. 我想使用離散的Kolmogorov-Smirov擬合優度檢驗 ，該檢驗目前僅在R中可用。此外， R也具有正常的KS檢驗 -我不想使用此檢驗。
2. 我是python用戶，因此需要將離散的KS測試移植到python，為此我嘗試使用 rpy2 。

我現在面臨的問題 ，在更詳細的統計詳這里 ，是rpy2似乎取代了標准導入的離散測試。 我知道這一點，因為它在測試時無法產生正確的答案。

到目前為止的嘗試

import rpy2.robjects.packages as r
utils = r.importr("utils")
package_name = "dgof"
utils.install_packages(package_name)

結果是

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpTBas6a/downloaded_packages’
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Updating HTML index of packages in '.Library'

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Making 'packages.html' ...
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  done

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
rpy2.rinterface.NULL

好，到目前為止，一切都很好，應該已經安裝了它。 因此，讓我們導入它：

# Import Discrete goodness-of-fit package which includes KS and CVM tests.
dgof = rpackages.importr('dgof')

它真的導入了嗎？ 讓我們來看看：

env = r.wherefrom('dgof')

退貨

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In addition: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Warning message:

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In (function (x, y, ..., alternative = c("two.sided", "less", "greater"),  :
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  cannot compute correct p-values with ties

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

好的，這很奇怪，但是無論如何它還是可以工作的，讓我們看看（ 這與R端使用的示例完全相同 ，應該返回D = 0.66667, p-value = 0.07407 ）：

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np
a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
dgof.ks_test(a,b)

退貨

D = 0.5, p-value = 0.925086

如果這對您並不意味着任何好處，那么您需要知道這是錯誤的。 這似乎是錯誤的，因為以某種方式加載了標准的ks_test而不是離散的ks_test （在上面列表的第2項中討論的那個）。 讓我們通過加載標准庫和KS測試來驗證：

from rpy2.robjects.packages import importr
base     = importr('base')
stats    = importr('stats')
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np

a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
stats.ks_test(a,b)

退貨

D = 0.5, p-value = 0.925086

所以這很酷-有人知道為什么會這樣嗎？

注意： 這個問題與我的其他問題有關 ，但是在python方面有更多詳細信息。

Answer 1

它真的導入了嗎？ 讓我們來看看：

 env = r.wherefrom('dgof') 

退貨

 /home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found 

RRuntimeWarning來自R本身，這是人們所期望的。 沒有對象dgof因為R包名稱空間不是對象。

您想要的可能來自wherefrom('ks.test') （參見https://rpy2.github.io/doc/v2.9.x/html/robjects_rpackages.html#finding-where-an-r-symbol-is -來自- ）。

在這之間可能會發生許多事情，具體取決於軟件包dgof的功能（如果您來自Python，R可以讓軟件包開發人員做一些真正奇怪的事情）。

您是否嘗試過依賴R的調度和函數重載機制？ 加載R包dgof ，調用ks.test而不指定名稱空間。

dgof = rpackages.importr('dgof')
import rpy2.robjects
# "generic" function ks.test
ks_test = rpy2.robjects.r('ks.test')
# Use it
ks_test(a, b)