R、Python：在 rpy2 上安裝軟件包

Question

我使用R通過我的Python腳本rpy2庫，我需要一個包，是不是在河的默認安裝如何安裝呢？

install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org")

不會工作。

在 Python 上：

>>> install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org") 
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'install' is not defined

來自 R：

> install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
  package ‘DirichletReg’ is not available (for R version 2.14.1)

Answer 1

里卡多的回答不再有效。

要從 Python 安裝，我們可以使用utils.install_packages函數：

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')

（該utils包是R.utils包，其 pdf 文檔可以在這里找到： https : R.utils - 或者，更直接地，是更詳細的install.packages函數我們使用的文檔： https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages 。它在 Python 中重命名為install_packages ，因為.不是合法 Python 名稱的一部分，因為它在 R 中。）

接下來，您需要決定從哪個 repo 獲取包。

您可以在使用repos參數調用utils.install_packages時聲明 repo：

utils.install_packages('DirichletReg', repos="https://cloud.r-project.org")

或者你可以在調用utils.install_packages之前設置鏡像

utils.chooseCRANmirror(ind=1) # select the first mirror in the list

要么

utils.chooseBioCmirror(ind=1) # select the first mirror in the list

否則 Python/R 將嘗試啟動交互式鏡像選擇器（這可能適用於您的設置，也可能不適用）。

然后，對於單個包：

utils.install_packages('DirichletReg')

或者對於多個包，傳遞一個字符向量：

from rpy2.robjects.vectors import StrVector

package_names = ('ggplot2', 'hexbin')
utils.install_packages(StrVector(package_names))

這些示例改編自rpy2 文檔和install.packages文檔 - 在我上次編輯時，文檔仍然說要這樣做。

Answer 2

運行pytest ，Aaron 的回答使我的 Python 掛起，R 不斷給出錯誤消息，可能是因為：

在不先選擇鏡像的情況下調用install_packages()將要求用戶交互選擇鏡像。

根據rpy2 文檔，我使用了這個有效的方法：

from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages

utils = rpackages.importr('utils')
utils.chooseCRANmirror(ind=1)
utils.install_packages("DirichletReg")
DirichletReg = rpackages.importr("DirichletReg")

Answer 3

這個怎么樣

>>> import rpy2.interactive as r
>>> r.importr("utils")
>>> package_name = "DirichletReg"
>>> r.packages.utils.install_packages(package_name)