是否設置了R代碼以使用PubMed ID或DOI獲取該文章的數據文件？

Question

我正在嘗試使用R語言從NCBI或PubMed獲取與數百個唯一的DOI或PMID相關或附加的數據文件名。 例如。 我的PMID：19122651，我想獲取與其連接的三個GSE的名稱，分別是：GSE12781，GSE12782和GSE12783。 我搜索了各種資源和軟件包，無濟於事。
感謝您的協助。

Answer 1

您可以使用rentrez軟件包進行此操作。

所需的功能是entrez_link 。

例：

library(rentrez)

results <- entrez_link(dbfrom = 'pubmed', id = 19122651, db = 'gds')

results$links$pubmed_gds
[1] "200012783" "200012782" "200012781"

這3個結果是關聯的GEO數據集記錄的ID。 您可以使用entrez_summary將它們轉換為GSE加入。

這是一個有點丑陋的應用sapply ，可以用作函數的基礎：

sapply(results$links$pubmed_gds, function (id) entrez_summary("gds", id)$accession, 
       USE.NAMES = FALSE)

[1] "GSE12783" "GSE12782" "GSE12781"

Answer 2

您可以通過查詢NCBI rentrez所描述的包在這里 。 函數entrez_link()應該能夠找到交叉引用