如何在R中用染色體繪制熱圖

Question

我有一個以下格式的數據表：

set.seed(1)

dt <- data.table(
chromosome = c(rep(1, 100), 
     rep(2, 100), 
     rep(3, 80)),
mb_from = c(seq(1, 1000, by=10),
      seq(1, 1000, by=10),
      seq(1, 800, by=10)),
mb_to = c(seq(10, 1000, by=10),
    seq(10, 1000, by=10),
    seq(10, 800, by=10)),
score = c(sample(1:10, 100, replace = T),
       sample(1:10, 100, replace = T),
       sample(1:10, 80, replace = T))
)

我試圖繪制一個類似（但不完全相同）的數字：

我嘗試過使用ggplot和geom_rect（），但沒有運氣。

任何幫助將不勝感激。

Answer 1

你可以嘗試一下plotly包，這是一個開始：

library(dplyr)
library(plotly)
library(RColorBrewer)

dat <- apply(dt,
      1,
      function(x) data.table(chromosome = x["chromosome"], mb = x["mb_from"]:x["mb_to"], score = x["score"])
) %>%
  rbindlist()

plot_ly(dat, x = ~chromosome, y = ~mb, z = ~score, type = "heatmap",
        colors = "RdYlBu", reversescale = T) %>%
  layout(yaxis = list(range = c(1000, 0)))