如何使用ELKI庫的距離矩陣對數據進行聚類？

Question

我有一個距離矩陣，我希望在聚類數據時使用該距離矩陣。

我已經閱讀了ELKI文檔，它聲明我可以在擴展AbstractNumberVectorDistanceFunction類時覆蓋distance方法。

然而， distance類返回坐標。 所以從坐標x到坐標y。 這很麻煩，因為距離矩陣僅用距離值填充，我們使用索引來找到從index x到index y的距離值。 這是文檔中的代碼：

public class TutorialDistanceFunction extends AbstractNumberVectorDistanceFunction {
  @Override
  public double distance(NumberVector o1, NumberVector o2) {
    double dx = o1.doubleValue(0) - o2.doubleValue(0);
    double dy = o1.doubleValue(1) - o2.doubleValue(1);
    return dx * dx + Math.abs(dy);
  }
}

我的問題是如何在使用ELKI進行聚類時正確使用距離矩陣。

Answer 1

僅當輸入數據是數字向量時， AbstractNumberVectorDistanceFunction才是適當的父類。 如果您的數據類型是抽象對象標識符，則改為繼承AbstractDBIDRangeDistanceFunction 。 然后你必須實施

double distance(int i1, int i2);

已經有針對預計算距離的距離函數的不同實現，例如DiskCacheBasedDoubleDistanceFunction ，其存儲器映射存儲在磁盤上的距離矩陣。 我們應該添加一個DoubleMatrixDistanceFunction ，直接用於Java（在下一個版本中，所有類名和包名都將縮短，順便說一下）。

另請參閱： https ： //elki-project.github.io/howto/precomputed_distances ，特別是標題為“使用無主數據”的部分，介紹如何在僅使用距離矩陣時設置沒有主數據的數據庫。