使用ClusterEvalQ編譯Rcpp函數

Question

我正在開發一個需要在R中進行並行處理的項目，而且我是doparallel軟件包的新手。 我想要做的是使用並行化的foreach循環。 由於問題的性質，這個foreach循環需要執行多次。 我遇到的問題是我在循環中使用cppfunction和cfunction。

目前的解決方法是為集群調用clusterEvalQ()並編譯相關函數。 但是，這非常慢（4個核心約10秒）。 我在下面列出了相關代碼。 有什么方法可以加快速度嗎？ 謝謝。

clusterEvalQ(cl, {
library("inline")
library("Rcpp")
source("C_functions.R")
}) 

Answer 1

是的，有一種方法可以通過僅編譯一次來加速它。

特別是， 將所有已編譯的代碼移動到R包中。 從那里，將R包安裝到群集上，然后加載包。 在並行代碼中，調用包中的函數。

這是必需的，因為導入到R中的C ++函數是特定於會話的。 因此，每個會話都需要自己編譯。 匯編是“昂貴”的部分。

此外， 不要使用inline包 。 相反，您應該使用Rcpp屬性 。