使用ClusterEvalQ编译Rcpp函数

Question

我正在开发一个需要在R中进行并行处理的项目，而且我是doparallel软件包的新手。 我想要做的是使用并行化的foreach循环。 由于问题的性质，这个foreach循环需要执行多次。 我遇到的问题是我在循环中使用cppfunction和cfunction。

目前的解决方法是为集群调用clusterEvalQ()并编译相关函数。 但是，这非常慢（4个核心约10秒）。 我在下面列出了相关代码。 有什么方法可以加快速度吗？ 谢谢。

clusterEvalQ(cl, {
library("inline")
library("Rcpp")
source("C_functions.R")
}) 

Answer 1

是的，有一种方法可以通过仅编译一次来加速它。

特别是， 将所有已编译的代码移动到R包中。 从那里，将R包安装到群集上，然后加载包。 在并行代码中，调用包中的函数。

这是必需的，因为导入到R中的C ++函数是特定于会话的。 因此，每个会话都需要自己编译。 汇编是“昂贵”的部分。

此外， 不要使用inline包 。 相反，您应该使用Rcpp属性 。