無法正確返回for循環中的對象名稱

Question

我正在嘗試使用不同的對象自動制作一系列相同的情節。 我正在使用S4類phyloseq對象。 當我使用for循環遍歷對象列表並嘗試將對象名稱用作每個圖的標題以及ggsave的文件名時，盡管它可以正確地進行識別，但我無法完全識別出正確的名稱列表中給定對象的繪圖。

我嘗試使用get()和quote()的deparse(substitute(object))變體，但最終得到的結果略有不同，但仍然偏離目標。

    object_list <- c(object1, object2, object3)
    automate_graphs <- function(x){
      for(object in x){
        name <- deparse(substitute(object))
        ordination <- ordinate(object, "NMDS", "bray")
        plot <- plot_ordination(object, ordination) + ggtitle(label = name)
        ggsave(plot, filename=sprintf("NMDS_bray_%s.pdf", name), height=4, width=7)}}

    automate_graphs(object_list)

我預計要保存3個名為NMDS_bray_object1 ， NMDS_bray_object2 ， NMDS_bray_object3 pdf NMDS_bray_object3 。

相反，我得到NMDS_bray_S4 object of class structure("phyloseq", package = "phyloseq") （因此它將對象的稀疏保存為變量名而不是替換名）或使用引號得到了NMDS_bray_object ，我認為這是可以預期的哈哈。 在此先感謝您的幫助！

Answer 1

只需使其成為對象的命名向量（列表）並遍歷名稱即可：

object_list <- c(object1 = object1,object2 = object2,object3 = object3)

automate_graphs <- function(x){
    for(nm in names(x)){
        object <- x[nm] #Pick out the one named nm
        ordination <- ordinate(object, "NMDS", "bray")
        plot <- plot_ordination(object, ordination) + ggtitle(label = nm)
        ggsave(plot, filename=sprintf("NMDS_bray_%s.pdf", nm), height=4, width=7)
    }}

automate_graphs(object_list)

Answer 2

@Joran再次感謝您的幫助-即使不是最優雅的解決方案，它也使我朝着正確的方向提出了解決方案。 我想到了生成名稱向量的想法，然后只是創建了一個額外的變量來循環遍歷該向量。 但是通過這種方式，它可以維護對象的類並創建一個單獨的對應名稱列表：

object_list <- c("object1" = object1, "object2" = object2, "object3" = object3)
automate_graphs <- function(x){
  names = names(x)
  obj_num = 1
  for(object in x){
    name <- names[obj_num]
    ordination <- ordinate(object, "NMDS", "bray")
    plot <- plot_ordination(object, ordination) + ggtitle(label = name)
    ggsave(plot, filename=sprintf("NMDS_bray_%s.pdf", name), height=4, width=7)

    obj_num = obj_num + 1
  }
}
automate_graphs(object_list)