[英]How to loop through a dataset subtracting the value in the row below - Using R
[英]R Subtracting every other row from row below
因此,我搜索了其他一些問題,但這些問題與我所尋找的不完全相同。
我有一個數據框,列中有示例,行中有條件。 數據排列如下,除了大約200行和30000列:
donor_id time stimulation Gene_1 Gene_2 Gene_3 Gene_4 Gene_5 Gene_6 Gene_7 Gene_8
A 0.5h U 80.56644 0 55.68308 3.567304 6.465864 1.095409 490.3318 2.322889
A 0.5h Stim 79.37402 0 55.88619 4.394622 6.503430 1.190555 453.7305 0.169858
A 1h U 62.73152 0 53.01435 3.596723 7.272073 0.736384 349.6818 1.307157
A 1h Stim 54.82245 0 53.17697 3.445614 5.385228 1.520416 332.2109 1.378058
B 0.5h U 69.89228 0 51.78394 2.410192 5.668343 1.482302 377.0095 0.589922
B 0.5h Stim 64.42587 0 52.67998 1.085260 8.958538 0.977994 382.8479 0.312372
B 1h U 56.47391 0.323123 52.93331 2.925232 5.650667 1.396532 356.9900 1.657515
B 1h Stim 0.25548 0.085027 49.85429 1.355360 5.030664 2.175491 218.5442 0.290898
我想從“刺激”行中減去所有“ U”行,剩下的行數只有我的一半。 完整表中的每一行都具有donor_id和時間的唯一組合
我通過搜索可以找到的所有類似問題似乎都是要從其他所有內容中減去一行,或者是要從其上方的行中減去每一行,而不是每隔一行。 我確信必須有某種方式可以使用FOR循環或lapply,但是我不知道如何在所有行和列中使用它。
這是基本的R選項:
aggregate(df[4:11], by = list("donor_id" = df$donor_id, "time" = df$time), diff)
donor_id time Gene_1 Gene_2 Gene_3 Gene_4 Gene_5 Gene_6 Gene_7
1 A 0.5h -1.19242 0.000000 0.20311 0.827318 0.037566 0.095146 -36.6013
2 B 0.5h -5.46641 0.000000 0.89604 -1.324932 3.290195 -0.504308 5.8384
3 A 1h -7.90907 0.000000 0.16262 -0.151109 -1.886845 0.784032 -17.4709
4 B 1h -56.21843 -0.238096 -3.07902 -1.569872 -0.620003 0.778959 -138.4458
Gene_8
1 -2.153031
2 -0.277550
3 0.070901
4 -1.366617
或dplyr
解決方案:
df %>%
group_by(donor_id, time) %>%
summarise_at(vars(starts_with("Gene")), diff)
# Groups: donor_id [2]
donor_id time Gene_1 Gene_2 Gene_3 Gene_4 Gene_5 Gene_6 Gene_7 Gene_8
<fct> <fct> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 A 0.5h -1.19 0 0.203 0.827 0.0376 0.0951 -36.6 -2.15
2 A 1h -7.91 0 0.163 -0.151 -1.89 0.784 -17.5 0.0709
3 B 0.5h -5.47 0 0.896 -1.32 3.29 -0.504 5.84 -0.278
4 B 1h -56.2 -0.238 -3.08 -1.57 -0.620 0.779 -138. -1.37
聲明:本站的技術帖子網頁,遵循CC BY-SA 4.0協議,如果您需要轉載,請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.